结论前置：有合同存续的公司能否注销需分情况讨论，主要取决于合同履行状态及债权人权益保护情况。以下是具体分析：

1. 合同已履行完毕或可提前终止
   若公司与合同相对方已完全履行合同义务（如货物交付、服务完成、款项结清），或合同中明确约定了提前终止条款且已达成一致，此时合同权利义务关系已消灭，公司可依法启动注销程序。
   法律依据：根据《公司法》第188条，公司清算结束后，清算组应制作清算报告并申请注销登记。合同履行完毕不构成注销障碍。

2. 合同未履行完毕且无终止条款
   若合同仍在履行期内且公司无法继续履行（如因经营不善、破产等），需先通过以下方式处理合同关系：

   • 协商解除：与合同相对方协商一致解除合同，并签订书面解除协议；
     
   • 法定解除：符合《民法典》第563条情形（如不可抗力、预期违约等）时，可单方解除合同；
     
   • 承担违约责任：若无法解除合同，公司需赔偿对方损失（如支付违约金、赔偿实际损失等），确保债权人权益不受侵害。
     风险提示：未妥善处理合同直接注销的，可能被认定为“恶意注销”，股东或清算组成员需对公司债务承担连带清偿责任（《公司法司法解释二》第19-20条）。

3. 合同涉及债权人申报债权
   若公司进入清算程序，根据《公司法》第185条，清算组应自成立之日起10日内通知债权人，并于60日内在报纸上公告。债权人需在规定期限内申报债权，未申报的视为放弃。
   关键点：即使合同未到期，债权人仍有权要求公司提前清偿债务或提供担保。若公司未履行通知义务，导致债权人未及时申报，股东或清算组成员可能需承担赔偿责任。

实务建议：

• 注销前全面梳理合同清单，区分履行状态（已履行/未履行/部分履行）；
  
• 对未履行合同，优先协商解除或转让给第三方（需经相对方同意）；
  
• 依法履行清算程序，确保债权人权益得到妥善处理；
  
• 保留完整合同履行及清算记录，避免后续纠纷。
  

如有具体合同或注销流程问题，可直接向我咨询，我会结合细节进一步分析。