医师在个体诊所内承包是否违法需分情况讨论，关键在于承包行为的性质是否符合现行法律规定。具体分析如下：

1. 若承包行为涉及“出租、出借《医师执业证书》”或“以承包方式变相出租、出借《医疗机构执业许可证》”，则属于违法行为
   根据《医师法》第五十四条第三款及《基本医疗卫生与健康促进法》第一百条，医师出租、出借执业证书，或医疗机构以承包方式变相出租、出借执业许可证的，均会被责令改正、没收违法所得，并处违法所得二倍以上十倍以下罚款（违法所得不足一万元的，按一万元计算）；对医师可暂停执业活动六个月至一年，直至吊销执业证书。
   典型场景：医师与诊所签订“承包协议”，约定医师不实际参与诊疗，仅提供执业证书供诊所使用，或诊所将科室承包给医师个人经营，医师独立收取费用、自负盈亏。此类行为本质是“资质挂靠”，严重扰乱医疗秩序，法律明确禁止。

2. 若承包行为属于“合法合作或内部管理关系”，则不违法
   若医师与诊所签订的是合法合作协议（如技术合作、科室共建），且满足以下条件，则不构成违法：

   • 医师实际参与诊疗活动，亲自为患者提供医疗服务；
     
   • 诊所统一收取费用，按约定向医师支付劳动报酬（如工资、绩效）；
     
   • 医师的执业范围、执业地点与注册信息一致，未超出《医师执业证书》登记范围；
     
   • 诊所具备合法资质，未将《医疗机构执业许可证》转包或出租。
     典型场景：诊所聘请医师作为全职或兼职医生，医师按诊所安排出诊，诊所统一管理患者、收费及药品，医师领取固定薪酬或按诊疗量提成。此类行为属于合法劳动关系或劳务关系，受法律保护。

处理建议：

• 若已涉及违法承包：建议立即终止协议，主动向当地卫生健康行政部门说明情况，配合调查并整改。若已被处罚，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，但需注意诉讼风险（如证据不足可能导致败诉）。
  
• 若需合法合作：应签订书面合作协议，明确双方权利义务（如诊疗规范、费用分配、责任承担），确保医师实际参与诊疗、诊所统一管理，并留存考勤、诊疗记录等证据，避免被认定为“变相承包”。
  

温馨提示：医疗行业资质管理严格，任何试图绕过监管的“承包”行为均可能面临高额罚款甚至刑事责任（如非法行医罪）。如有具体合作模式需确认合法性，可直接向我咨询，我会结合协议条款、实际履行情况等细节为您详细分析。