招标文件条款有歧义，正式合同签订时是可以修改的。以下从不同角度为你详细分析：
法律角度
- 合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是平等主体的自然人、法人、其他组织之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议。在签订正式合同的过程中，双方当事人有权基于平等、自愿的原则，对合同条款进行协商和修改，以确保合同内容明确、无歧义，符合双方的真实意思表示。
- 要约与承诺规则：招标文件在性质上通常被视为要约邀请，而投标文件则构成要约。中标通知书发出后，中标人承诺，合同成立。但在签订正式书面合同前，双方仍有权对合同条款进行进一步的协商和调整。如果招标文件中的条款存在歧义，双方可以在签订正式合同时进行明确和修正，以避免后续履行过程中产生纠纷。
实际操作角度
- 避免纠纷：招标文件中的条款歧义可能导致后续合同履行过程中双方对条款理解不一致，进而引发纠纷。在签订正式合同时对歧义条款进行修改，可以明确双方的权利义务，减少纠纷的发生。
- 符合行业惯例：在建设工程领域，招标文件与正式合同之间存在一定的差异是常见的。招标文件主要用于明确招标项目的需求和要求，而正式合同则是对双方权利义务的详细约定。因此，在签订正式合同时对招标文件中的歧义条款进行修改，是符合行业惯例和实际操作需要的。
修改建议
- 明确条款内容：在签订正式合同时，双方应仔细审查招标文件中的条款，对存在歧义的条款进行明确和细化。例如，对于工程范围、质量标准、付款方式等关键条款，应尽可能使用具体、明确的语言进行描述，避免使用模糊、歧义的表述。
- 协商一致：修改招标文件中的歧义条款需要双方协商一致。在协商过程中，双方应充分沟通、理解对方的立场和需求，寻求双方都能接受的解决方案。如果双方无法就修改条款达成一致意见，可以考虑通过法律途径解决纠纷。
- 保留证据：在修改招标文件中的歧义条款时，双方应保留好相关的证据材料，如修改前后的合同文本、沟通记录等。这些证据材料在后续合同履行过程中或发生纠纷时，将起到重要的证明作用。
总结来说，招标文件条款有歧义时，在签订正式合同时是可以且应该进行修改的。这既是法律赋予双方当事人的权利，也是避免后续纠纷、保障合同顺利履行的必要措施。如果你在建设工程合同领域还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。