关于个体工商户是否必须签订三方协议以及其合法性的问题，首先需要明确的是，个体工商户在与员工建立劳动关系时，并不涉及签订所谓的“三方协议”，而是需要签订书面劳动合同。这一点是基于《劳动合同法》的相关规定。

个体工商户与员工的关系及劳动合同要求

根据《劳动合同法》第二条，中华人民共和国境内的企业、个体经济组织（包括个体工商户）、民办非企业单位等组织，与劳动者建立劳动关系时，均适用该法。这意味着个体工商户作为用人单位，在与员工建立劳动关系时，必须遵循《劳动合同法》的相关规定。

进一步地，《劳动合同法》第十条第一款明确规定，建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。这是法律对用人单位和劳动者之间建立劳动关系时的明确要求，旨在保障双方的权益，明确双方的权利和义务。

劳动合同的签订与留存

劳动合同由用人单位与劳动者协商一致，并经双方在劳动合同文本上签字或者盖章后生效。劳动合同文本应由用人单位和劳动者各执一份，这是为了确保双方都能持有并留存劳动合同，以便在需要时作为证据使用。

如果劳动者手中没有劳动合同文本，一旦发生纠纷，可能会增加其维权的难度。因此，劳动者有权向用人单位提出要求，请其给自己一份劳动合同文本留存。如果用人单位拒绝提供，劳动者还可以向当地劳动保障监察部门投诉，请其责令用人单位改正。

未签订劳动合同的证据认定

如果个体工商户未与员工签订书面劳动合同，但在实际用工过程中形成了劳动关系，那么在认定双方存在劳动关系时，可以参照以下凭证：

1. 工资支付凭证或记录（如职工工资发放花名册）、缴纳各项社会保险费的记录；
2. 用人单位向劳动者发放的“工作证”、“服务证”等能够证明身份的证件；
3. 劳动者填写的用人单位招工招聘“登记表”、“报名表”等招用记录；
4. 考勤记录；
5. 其他劳动者的证言等。

其中，工资支付凭证或记录、招用记录、考勤记录等有关凭证，通常由用人单位负举证责任。

总结与建议

综上所述，个体工商户在与员工建立劳动关系时，并不需要签订三方协议，而是必须签订书面劳动合同。这是法律对用人单位的明确要求，也是保障劳动者权益的重要措施。因此，个体工商户应依法与员工签订书面劳动合同，并确保双方各执一份。如果未签订劳动合同，一旦发生纠纷，可能会面临法律风险和维权难度。建议个体工商户在用工过程中严格遵守相关法律法规，确保用工关系的合法性和稳定性。