违法改变房租用途的经营收入，在特定情况下确实存在被没收的可能性，但并非绝对，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律背景与规定
合同约定：
- 租赁合同中通常会明确约定房屋的用途。如果承租人擅自改变房屋用途，违反了合同约定，出租人有权依据合同条款要求承租人承担违约责任，包括但不限于要求恢复原状、赔偿损失等。在极端情况下，如果合同中明确约定了违法改变用途时的没收经营收入条款，且该条款不违反法律强制性规定，那么出租人可能依据合同要求没收。但需注意，此类条款需严格符合法律规定，否则可能被认定为无效。
法律规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关法律法规，承租人应当按照约定的方法或者根据租赁物的性质使用租赁物。未经出租人同意，承租人不得擅自改变房屋用途。如果承租人违法改变房屋用途，并因此获得了经营收入，这种行为可能构成不当得利或违法所得。
- 在特定情况下，如承租人利用改变用途后的房屋从事违法活动（如赌博、贩毒等），其经营收入可能被视为违法所得，依法应由相关部门予以没收。
二、可能的情况与后果
一般违约情况：
- 如果承租人只是轻微改变房屋用途，且未对出租人造成实质性损害，出租人通常不会直接要求没收经营收入，而是会通过协商、警告或要求恢复原状等方式解决。
严重违约或违法情况：
- 如果承租人严重违反合同约定或法律法规，擅自改变房屋用途并从事违法活动，出租人不仅有权要求承租人承担违约责任，还可能向相关部门举报，要求没收其违法所得的经营收入。
- 在此类情况下，承租人还可能面临行政处罚或刑事责任，如罚款、拘留甚至刑事处罚等。
三、法律建议
对于出租人：
- 在签订租赁合同时，应明确约定房屋用途及违约责任条款，以便在承租人违法改变用途时能够依据合同维护自身权益。
- 一旦发现承租人违法改变房屋用途，应及时采取措施制止，并保留相关证据以便后续维权。
对于承租人：
- 应严格遵守租赁合同约定，按照约定的用途使用房屋。
- 如需改变房屋用途，应提前与出租人协商并取得同意，避免因此产生法律纠纷。
总结来说，违法改变房租用途的经营收入是否会被没收，取决于多种因素，包括合同约定、违法行为性质及后果等。在一般情况下，出租人不会直接要求没收经营收入，而是会通过协商或法律途径解决。但在严重违约或违法情况下，承租人可能面临经营收入被没收的风险。因此，建议双方在签订租赁合同时明确约定相关条款，并在使用过程中严格遵守法律法规和合同约定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。