公司限期补缴公积金有异议的，起诉期并非固定为六个月，需根据具体情况判断。具体分析如下：
若涉及行政处理决定：根据《行政复议法》和《行政诉讼法》的相关规定，若公司对住房公积金管理中心作出的限期补缴决定不服，应先申请行政复议（对特定行政行为，复议是前置程序），对复议结果仍不服的，可在收到复议决定书之日起十五日内向人民法院提起诉讼；若公司直接选择诉讼，则需在知道或应当知道该行政行为之日起六个月内提出，但未经复议直接诉讼可能面临程序障碍，需结合具体案情判断。
若涉及劳动争议：若公司因补缴公积金与员工发生争议，且该争议属于劳动争议范畴（如员工主张公司未依法缴纳公积金要求赔偿），则需先向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁裁决不服的，可在收到裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。此时，“六个月”并非起诉期，而是劳动争议仲裁的时效期间（即员工需在知道或应当知道权益受损之日起一年内申请仲裁，但仲裁裁决后起诉期为十五日）。
特殊情形：若公司认为住房公积金管理中心的行政行为侵犯其合法权益，且该行为不属于必须复议前置的情形，公司可直接在知道或应当知道该行政行为之日起六个月内提起行政诉讼。但需注意，若行政行为已进入执行阶段（如公积金中心申请法院强制执行），公司需通过执行异议或复议程序救济，而非直接起诉。
建议：公司应首先明确异议对象（是公积金管理中心的行政决定，还是与员工的劳动争议），再根据具体情形选择救济途径。若对程序或期限存疑，可直接向我咨询，我会结合案情提供详细指引。