结论：在危险驾驶罪案件中，检察院出具认罪认罚书建议量刑三个月并处罚金9000元后，法院在判决时确实存在从轻判刑的可能性，但具体是否从轻以及从轻的幅度，需结合案件具体情况和法院的自由裁量权来综合判断。
分析说明：
认罪认罚从宽原则：
- 根据《刑事诉讼法》及相关司法解释，犯罪嫌疑人、被告人自愿如实供述自己的罪行，承认指控的犯罪事实，愿意接受处罚的，可以依法从宽处理。这一原则体现了对犯罪嫌疑人、被告人认罪悔罪态度的认可，并鼓励其积极配合司法机关的工作。
- 在您的情况下，既然检察院已经出具了认罪认罚书，并建议量刑三个月并处罚金9000元，这通常意味着检察院认为您具有认罪悔罪的态度，并愿意接受相应的法律后果。因此，在法院判决时，这一认罪认罚的态度可能会成为法院考虑从轻判刑的一个因素。
法院的自由裁量权：
- 法院在判决时拥有一定的自由裁量权，即根据案件的具体情况，如犯罪的性质、情节、社会危害程度以及犯罪嫌疑人的认罪态度、悔罪表现等，来综合判断并决定最终的刑罚。
- 在您的情况下，虽然检察院已经给出了量刑建议，但法院并非必须完全按照这一建议来判决。法院可能会根据案件的具体情况，如您的驾驶记录、是否造成实际损害、是否具有自首、立功等情节，来决定是否从轻判刑以及从轻的幅度。
从轻判刑的可能性与限制：
- 从轻判刑的可能性存在，但并非绝对。如果法院认为您的认罪态度真诚，悔罪表现良好，且案件情节相对较轻，那么法院可能会考虑从轻判刑。
- 然而，如果法院认为您的犯罪情节严重，社会危害程度大，或者存在其他应当从重处罚的情节，那么法院可能不会完全按照检察院的量刑建议来判决，甚至可能会加重刑罚。
行动建议：
- 积极配合司法机关：既然您已经选择了认罪认罚，那么应该继续积极配合司法机关的工作，如实供述自己的罪行，接受法律的制裁。
- 关注案件进展：及时与您的辩护律师沟通，了解案件的进展情况，以便在必要时采取进一步的法律措施。
- 准备应对可能的结果：虽然认罪认罚可能会带来从轻判刑的可能性，但您也应该做好应对各种可能结果的准备，包括接受法院的最终判决并履行相应的法律义务。
最后，每个案件都有其独特性，法院的判决也会受到多种因素的影响。因此，如果您对案件的具体情况或法院的判决有任何疑问或担忧，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。