借款合同上盖合同专用章是完全合法且有效的。以下是对此问题的详细解答：

一、合同专用章的法律效力

合同专用章是企业或单位在签订各类具有法律意义的合同时专门使用的印章。它代表了企业或单位对合同内容的明确认可和同意接受合同条款的约束。借款合同，作为民事合同的一种，同样可以使用合同专用章进行签署。一旦合同上加盖了合同专用章，即表明借款方或贷款方已正式确认合同内容，并愿意承担相应的法律责任。这一法律效力是由《中华人民共和国民法典》等相关法律法规所保障的。

二、合同专用章与公章的区别及适用

虽然公司的公章在特定情况下也可用于签署借款合同，但合同专用章因其专属性质，更常用于日常合同签署。公章则可能涉及公司更广泛的法律事务和对外代表权。因此，在实际操作中，应根据公司内部管理制度和授权情况，合理选择使用哪种印章。对于借款合同这类具体业务合同，使用合同专用章更为常见和合适。

三、使用合同专用章签署借款合同的注意事项

1. 主体一致性：

   • 确保盖章主体与合同中的借款方或贷款方主体完全一致。这是避免因主体不符而导致的合同无效或纠纷的关键。

2. 合同内容完备性：

   • 在签署前，务必仔细审查合同条款，确保内容完备、条款清晰，且符合法律法规的要求。这有助于保障合同的有效性和各方的合法权益。

3. 合规性审查：

   • 对合同中的各项条款进行合规性审查，确保其不违反国家法律法规和强制性规定。这是确保合同合法有效性的重要步骤。

4. 谨慎签约：

   • 在签署借款合同时，应保持高度谨慎，仔细阅读合同条款，理解其含义和法律后果。如有疑问或不明确之处，应及时咨询专业律师或法律顾问，以确保自身权益得到充分保障。

四、特殊情形下的考虑

虽然加盖合同专用章是常见的合法做法，但在某些特殊情形下仍需特别注意：

• 如果当事人在借款合同中明确约定了协议生效的特定条件（如必须加盖企业公章或法定代表人签字），则仅加盖合同专用章可能不足以满足这些条件，从而影响合同的效力。因此，在签订合同前，应仔细审查关于生效条件的约定。
• 使用合同专用章时，必须确保印章的真实性和合法性，以防止伪造或冒用。企业应建立健全印章管理制度，确保印章的安全和合规使用。

综上所述，借款合同上盖合同专用章是合法且有效的做法。在使用过程中，应遵循相关法律法规和公司内部管理规定，确保合同的合法有效性及各方的权益保护。同时，也应注意公章与合同专用章的区别及适用场景，避免滥用或误用导致的法律风险。