结论：公司拖欠工资，即便在离职申请期间补发了工资，员工仍有权要求经济补偿，但具体是否补偿及补偿金额需结合实际情况判断。

法律背景与依据：

1. 《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条规定，用人单位未及时足额支付劳动报酬的，劳动者可以解除劳动合同。这意味着，公司拖欠工资的行为本身已经构成了劳动者可以解除劳动合同的法定理由。

2. 《中华人民共和国劳动合同法》第四十六条进一步规定，劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿。因此，即使公司在离职申请期间补发了工资，但因其之前的拖欠行为，员工仍有权要求经济补偿。

经济补偿的计算：

经济补偿的计算依据员工在公司工作的年限，具体为：

• 每满一年支付一个月工资；
• 六个月以上不满一年的，按一年计算；
• 不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

月工资是指劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。例如，员工工作3年，月平均工资8000元，则应得经济补偿为24000元（3年×8000元/年）。

特殊情况分析：

1. 若员工在离职申请期间，公司不仅补发了拖欠的工资，还额外支付了经济补偿：在这种情况下，员工可能无需再通过法律途径主张经济补偿，但需确保公司支付的经济补偿金额符合法律规定。

2. 若员工在离职申请期间，公司仅补发了拖欠的工资，未支付经济补偿：员工仍有权通过协商、劳动监察投诉、劳动仲裁或诉讼等途径来维护自身权益，要求公司支付经济补偿。

法律建议：

1. 收集证据：员工在主张经济补偿时，必须提供充分证据，包括劳动合同、工资条、银行工资流水明细、考勤记录等，以证明劳动关系及拖欠工资事实。

2. 与公司协商：首先尝试与原公司进行友好沟通，明确法律规定并要求支付拖欠工资及经济补偿。协商成功可签订协议明确支付细节。

3. 劳动监察投诉：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，提交相关证据，由劳动监察部门调查并责令公司改正及支付。

4. 劳动仲裁：员工还可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，需准备仲裁申请书、身份证明及相关证据材料。仲裁委将审理并作出裁决。

5. 诉讼：如对仲裁结果不满，可在规定时间内向人民法院提起诉讼，通过司法途径解决争议。

额外赔偿的可能性：

若用人单位逾期不支付拖欠工资，劳动行政部门可责令其按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。例如，拖欠1万元工资，逾期不付可能需加付5000元至1万元赔偿金。但这一额外赔偿的请求通常需要在劳动仲裁或诉讼中一并提出。

综上所述，即便公司在离职申请期间补发了拖欠的工资，员工仍有权要求经济补偿。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。