结论：妻子作为被执行人，在另诉配偶后，能否分开执行需视具体情况而定，主要取决于债务性质及法院判决结果。以下分情况详细说明：
若债务为夫妻共同债务
- 执行阶段：根据《民法典》及相关司法解释，夫妻共同债务应由双方共同偿还。若妻子作为被执行人，法院在执行过程中通常会直接执行夫妻共同财产，或要求配偶承担连带清偿责任。此时，即使妻子另诉配偶（如要求分割共同财产或确认债务分担比例），在法院未作出新的生效判决前，原执行程序一般不会因另诉而中止或分开执行。
- 例外情形：若配偶能证明债务非共同债务（如举证债务未用于家庭共同生活），或法院在另诉中重新划分了债务比例，则可能影响执行。但需以新判决为依据，且需通过执行异议或执行异议之诉程序调整原执行方案。
若债务为妻子个人债务
- 执行阶段：若债务被认定为妻子个人债务，法院原则上只能执行妻子个人财产。若配偶财产被错误执行，配偶可提出执行异议，要求排除执行。此时，另诉配偶（如确认债务性质或财产归属）与执行程序可并行，但分开执行的前提是法院在另诉中明确债务性质及财产归属。
- 关键点：配偶需主动举证债务未用于共同生活，或财产为个人所有（如婚前财产、约定归个人所有的财产）。若另诉结果支持配偶主张，法院将依据新判决调整执行范围。
操作建议
- 对妻子：若认为债务性质或执行范围有误，可尽快通过另诉确认债务性质（如提起确认之诉），或申请执行异议（如认为执行财产超出债务范围）。
- 对配偶：若被牵连执行，应立即提出执行异议，并同步另诉确认债务性质或财产归属。保留好债务未用于共同生活的证据（如转账记录、消费凭证等）。
- 共同注意：执行程序与诉讼程序相互独立，另诉结果可能影响执行，但需以法院最终判决为准。建议双方在诉讼中申请财产保全，避免财产转移。
总结：能否分开执行需结合债务性质、法院判决及执行阶段综合判断。建议根据实际情况选择执行异议或另诉途径，并保留关键证据。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我将结合案情提供针对性建议。