针对您提出的“个体工商户员工盗窃罪立案标准”这一问题，我将从一般盗窃行为的立案标准、特殊情形下的立案标准、主观故意要求以及相关注意事项等方面，为您进行详细解答。
一、一般盗窃行为的立案标准（数额较大）
根据《最高人民法院、最高人民检察院关于办理盗窃刑事案件适用法律若干问题的解释》，盗窃公私财物价值达到一定数额，即构成盗窃罪。具体来说，盗窃公私财物价值一千元至三千元以上、三万元至十万元以上、三十万元至五十万元以上的，分别认定为“数额较大”、“数额巨大”和“数额特别巨大”。不过，这些具体数额标准可能因地区经济发展状况及社会治安情况有所差异，由各省、自治区、直辖市的高级人民法院、人民检察院根据本地区实际情况确定，并报最高人民法院、最高人民检察院批准。
对于个体工商户员工而言，如果其盗窃的财物价值达到当地规定的“数额较大”标准，即构成盗窃罪，公安机关应依法立案侦查。
二、特殊情形下的立案标准
除了数额标准外，还有一些特殊情形下的盗窃行为，无论数额大小，均构成盗窃罪。这些情形包括：
多次盗窃：两年内盗窃三次以上，即视为“多次盗窃”。对于个体工商户员工而言，如果其在短时间内多次盗窃店内财物，即使每次盗窃的数额不大，也构成盗窃罪。
入户盗窃：非法进入供他人家庭生活，与外界相对隔离的住所进行盗窃。如果个体工商户员工非法进入雇主或其他人的住所进行盗窃，即使盗窃数额未达“数额较大”标准，也构成盗窃罪。
携带凶器盗窃：携带枪支、爆炸物、管制刀具等国家禁止个人携带的器械盗窃，或携带足以危害他人人身安全的器械盗窃。如果个体工商户员工在盗窃时携带了凶器，无论盗窃数额大小，均构成盗窃罪。
扒窃：在公共场所或公共交通工具上盗窃他人随身携带的财物。如果个体工商户员工在店内或公共场所扒窃顾客财物，无论金额大小，均构成盗窃罪。
三、主观故意要求
盗窃罪还要求行为人具有主观上的故意，即明知自己的行为是盗窃，并且希望或放任这种结果的发生。对于个体工商户员工而言，如果其明知是盗窃行为而故意实施，即构成盗窃罪的主观要件。
四、注意事项
具体的立案标准可能因地区差异、法律法规更新等因素而有所变化。因此，在实际操作中，建议咨询当地法律专业人士或相关机构，以确保获取最准确的信息和法律指导。
对于个体工商户而言，应加强对员工的管理和监督，防止员工利用职务之便进行盗窃行为。同时，也应加强店内安全防范措施，如安装监控摄像头、加强门锁等，以减少盗窃事件的发生。
综上所述，个体工商户员工盗窃罪的立案标准不仅涉及盗窃金额的大小，还包括特定的盗窃行为性质和主观故意要求。了解这些标准对于维护个人财产安全、预防犯罪以及正确处理相关法律问题具有重要意义。