市场监管局对第三方检测机构的处罚并不直接依据合同，而是依据相关法律法规对其违法行为进行认定和处罚。以下从几个方面进行详细分析：
一、市场监管局的处罚依据
市场监管局作为行政机关，其处罚第三方检测机构的依据主要是相关的法律法规，如《中华人民共和国产品质量法》、《中华人民共和国计量法》、《中华人民共和国标准化法》以及《检验检测机构资质认定管理办法》等。这些法律法规规定了检测机构在从事检测活动时应遵守的规范和标准，以及违反这些规范和标准时应承担的法律责任。
二、合同与处罚的关系
合同不是处罚的直接依据：合同是双方当事人之间设立、变更、终止民事关系的协议。市场监管局在处罚第三方检测机构时，并不会直接依据检测机构与客户之间签订的合同。合同的内容，如检测范围、检测标准、检测费用等，主要约束的是合同双方，而不是市场监管局。
合同可能作为证据：虽然合同不是处罚的直接依据，但在某些情况下，合同可能作为市场监管局认定检测机构违法行为的重要证据。例如，如果检测机构在合同中承诺了某种检测标准或方法，但实际上并未按照合同执行，而是采用了更低的标准或方法，导致检测结果不准确或误导消费者，那么这份合同就可能成为市场监管局认定检测机构违法行为的证据之一。
三、市场监管局处罚的常见情形
市场监管局对第三方检测机构的处罚通常涉及以下几种情形：
超出资质认定证书规定的检验检测能力范围，擅自向社会出具具有证明作用的数据、结果：这种行为违反了《检验检测机构资质认定管理办法》的相关规定，市场监管局可以依法对其进行处罚。
未按照标准等规定传输、保存原始数据和报告：这也是一种违法行为，市场监管局可以依据相关法律法规对检测机构进行处罚。
其他违反法律法规的行为：如检测机构出具虚假检测报告、伪造检测数据等，市场监管局同样可以依法对其进行处罚。
四、法律建议
对于第三方检测机构而言，为了避免受到市场监管局的处罚，应当严格遵守相关法律法规和资质认定证书的规定，确保检测活动的合法性和准确性。同时，检测机构也应当加强内部管理，提高检测人员的专业素养和法律意识，避免因为疏忽或故意违法行为而受到处罚。
如果您是第三方检测机构或相关方，在面临市场监管局的处罚或担心可能受到处罚时，可以直接向我咨询相关法律问题。我将根据您的具体情况，提供专业的法律建议和帮助。