结论：违反《保障中小企业款项支付条例》约定的付款方式，其效力需根据具体情况判断，一般而言，若该约定不违反法律强制性规定，则有效；但若违反条例中关于付款期限、方式等强制性规定，则可能无效或部分无效。
一、条例中关于付款方式的规定
《保障中小企业款项支付条例》旨在保障中小企业款项得到及时支付，缓解中小企业资金压力，其中对于付款方式有明确规定。例如，条例中可能规定了机关、事业单位和大型企业不得强制中小企业接受商业汇票等非现金支付方式，不得违反合同约定拖欠中小企业账款等。这些规定旨在保护中小企业的合法权益，确保其能够及时、足额地收到款项。
二、违反条例约定付款方式的效力分析
若约定不违反条例强制性规定：
- 如果双方约定的付款方式并未违反《保障中小企业款项支付条例》中的强制性规定，如双方自愿选择银行转账作为付款方式，且该方式符合条例中关于支付方式的一般性要求，那么该约定是有效的。双方应按照约定履行付款义务，否则可能构成违约，需承担相应的法律责任。
若约定违反条例强制性规定：
- 如果双方约定的付款方式违反了《保障中小企业款项支付条例》中的强制性规定，如机关、事业单位和大型企业强制中小企业接受商业汇票等非现金支付方式，或者违反合同约定拖欠中小企业账款等，那么该约定可能无效或部分无效。在此情况下，中小企业有权要求对方按照条例规定的方式支付款项，并可能要求对方承担违约责任或赔偿损失。
三、实际案例与法律建议
- 实际案例：在实际操作中，曾有机关单位因违反条例规定，强制中小企业接受商业汇票作为付款方式，导致中小企业资金周转困难。后经法律途径解决，机关单位被要求按照条例规定的方式支付款项，并承担了相应的违约责任。
- 法律建议：对于中小企业而言，在签订合同时应仔细审查合同条款，确保付款方式符合《保障中小企业款项支付条例》的规定。如遇对方违反条例规定的情况，应及时收集证据并寻求法律帮助，以维护自身合法权益。同时，机关、事业单位和大型企业也应严格遵守条例规定，不得利用优势地位强制中小企业接受不合理的付款方式。
四、后续行动建议
若您在实际操作中遇到了违反《保障中小企业款项支付条例》约定付款方式的情况，建议您首先与对方进行协商，尝试通过友好方式解决纠纷。如协商无果，您可以考虑通过法律途径解决，如向法院提起诉讼或申请仲裁等。在此过程中，如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。