当合同中存在两个有效期（生效时间）时，确定以哪个为准，需综合考虑以下因素，并分情况讨论：

1. 当事人协商明确的情况

   • 核心原则：尊重意思自治，即合同双方当事人的自主安排。若双方通过补充协议等书面方式，就两个生效时间中的哪一个为准达成一致意见，那么该协商确定的时间即为合同的生效时间。
   • 举例说明：假设合同中原本约定了两个生效时间，但后续双方通过协商，一致同意以其中一个时间作为最终生效时间，并签署了补充协议，那么该补充协议中约定的时间即为合同的生效时间。

2. 依据合同条款判断的情况

   • 优先顺序约定：若合同文本中明确规定了多个生效时间的先后顺序，如“以XX时间为准”，则应按照合同所指明的优先规则来确定生效时间。
   • 推断当事人意图：在合同没有明确优先顺序的情况下，可以通过分析合同的上下文、整体交易目的及相关条款，来推断当事人原本期望或更倾向的生效时间。例如，结合项目的筹备进度、交付时间等条款内容，可以判断出更符合交易逻辑和当事人预期的生效时间。

3. 法律规定及一般原则的应用

   • 后约定优先：在没有明确的优先顺序约定时，如果两个生效时间是先后不同时间做出的约定，通常以后一个约定的生效时间为准。这是因为后约定可视为当事人对生效时间的重新考量和调整，更能反映当事人最新的真实意愿。
   • 合法且合理原则：任何生效时间的约定都必须符合法律法规的强制性规定，不能损害一方利益且违背公平原则。如果两个生效时间中有一个明显违法或不合理，那么应当排除该时间，以另一个合法合理的时间为准。
   • 《民法典》的相关规定：根据《民法典》的相关规定，合同自成立时生效，但法律另有规定或者当事人另有约定的除外。在一般情况下，最后一方签字盖章的时间被视为合同成立的时间，因此也往往是合同生效的时间（除非当事人另有约定）。然而，这并不意味着在所有情况下都绝对以最后签字盖章时间为准，而是需要结合合同的具体内容和法律规定进行综合判断。

4. 综合判断与实际应用中的注意事项

   • 全面考虑因素：在处理合同生效时间争议时，应综合考虑当事人的协商结果、合同条款的约定、法律规定以及实际情况等。
   • 合同无效情形：如果合同中的两个生效时间与法律、行政法规的强制性规定相冲突，或者存在其他导致合同无效的情形，那么即使按照上述原则确定了生效时间，该合同也可能因违法或无效而无法产生法律效力。

法律建议：

• 在签订合同时，应尽量避免出现两个生效时间的情况，以减少不必要的争议和风险。
• 如果合同中确实存在两个生效时间，建议双方通过补充协议等方式明确以哪个时间为准，以确保合同的合法性和有效性。
• 在处理合同生效时间争议时，建议咨询专业律师，以便更准确地理解和应用相关法律规定，维护自身合法权益。

总结：合同中存在两个有效期（生效时间）时，确定以哪个为准需综合考虑当事人协商、合同条款、法律规定及一般原则等多个因素。在处理此类问题时，应秉持公平、公正的原则，确保合同的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。