在行政处罚中，若出现许可证法人和营业执照法人不一致的情况，行政机关通常会根据具体违法事实，分别对许可证持有人和营业执照持有人进行调查，并根据各自的违法行为作出相应处罚，处罚对象取决于实际实施违法行为的行为人。以下分情况详细说明：
若许可证持有人实施违法行为：
- 处罚对象：行政机关将针对许可证上登记的法人（或实际持有人）进行处罚。
- 处罚依据：根据《行政处罚法》及相关行业法规，行政机关会核实违法行为是否与许可证核准的经营范围、资质条件等直接相关。若违法行为系许可证持有人超出许可范围、未履行法定义务或违反许可条件实施，则处罚对象为许可证持有人。
- 示例：某企业持有的《危险化学品经营许可证》登记法人为A，但实际经营中由B操控企业实施非法储存危险化学品行为。若调查证实违法行为系B以企业名义实施，且企业作为许可证持有人未履行管理责任，则行政机关可对企业（许可证法人）进行处罚；若B系个人行为且与企业无关，则可能单独对B处罚。
若营业执照持有人实施违法行为：
- 处罚对象：行政机关将针对营业执照上登记的法人（或实际经营者）进行处罚。
- 处罚依据：根据《公司法》《市场主体登记管理条例》等规定，营业执照是市场主体合法经营的凭证。若违法行为系营业执照持有人未依法办理变更登记、虚假登记或违反营业执照核准的经营范围实施，则处罚对象为营业执照持有人。
- 示例：某公司营业执照登记法人为C，但实际经营中由D操控公司实施虚假宣传行为。若调查证实违法行为系公司（营业执照法人）组织或默许实施，则行政机关可对公司进行处罚；若D系个人行为且与公司无关，则可能单独对D处罚。
若许可证与营业执照持有人均涉及违法行为：
- 处罚对象：行政机关可能对两者分别处罚，或根据违法行为的主从关系、关联程度确定主要处罚对象。
- 处罚依据：若违法行为系两者共同实施（如许可证持有人与营业执照持有人合谋实施非法经营），则行政机关可根据《行政处罚法》中“一事不再罚”原则（对同一违法行为不得给予两次以上罚款的行政处罚），选择对主要责任方处罚或按比例分别处罚；若违法行为涉及不同法律关系（如许可证持有人超范围经营，营业执照持有人未履行审核义务），则可能分别处罚。
- 示例：某企业许可证登记法人为E，营业执照登记法人为F，实际经营中E与F合谋实施无证经营行为。若调查证实两者共同实施违法行为，则行政机关可对两者分别处罚（如对企业罚款、对个人拘留）；若E系主要责任方，F仅未履行审核义务，则可能对企业（E）重点处罚，对F从轻或减轻处罚。
建议：若您遇到此类问题，需首先核实许可证与营业执照的登记信息是否一致，并调查违法行为的具体实施主体、行为性质及关联程度。行政机关在处罚时，会严格遵循“过罚相当”原则，确保处罚对象与违法行为直接相关。如有疑问，可直接向我咨询具体案件细节，我将结合证据材料为您分析处罚对象及法律责任。