可以起诉，但需根据具体情形选择合适的法律途径。以下是不同情况的分析与建议：
若双方未离婚，男方拒不配合办理出生证明
出生证明的办理通常需父母双方身份证件，若男方因矛盾拒绝配合，可先尝试通过居委会、村委会或当地妇联等基层组织调解，促使双方协商解决。若调解无果，可向法院提起“同居关系子女抚养纠纷”或“离婚纠纷”（若已起诉离婚）诉讼，在诉讼中明确子女抚养权、探视权及男方配合办理出生证明的义务。法院判决后，若男方仍不履行，可申请强制执行（但需注意，出生证明办理本身可能无法直接强制执行，但可通过判决明确男方义务，再凭判决书与女方证件办理）。
若双方已离婚，男方拒不配合办理出生证明
若离婚协议或法院判决中已明确男方需配合办理出生证明，可直接凭协议/判决书及女方证件到医疗机构办理（部分地区允许单方办理）。若协议/判决未明确，可向法院提起“离婚后财产纠纷”或“变更抚养关系纠纷”诉讼（若涉及抚养权变更），在诉讼中要求法院明确男方配合义务。判决后，若男方仍不履行，可申请强制执行，法院可能通过罚款、拘留等措施督促其履行，或协调医疗机构凭判决书办理。
若男方失联或无法联系
若男方下落不明，可向法院申请“宣告失踪”，再凭宣告失踪判决书及女方证件办理出生证明（部分地区允许）。若未宣告失踪，可尝试联系男方户籍地派出所或村委会/居委会协助查找，或通过公告方式送达法律文书，再通过诉讼解决。
温馨提示：出生证明是子女落户、入学、接种疫苗等的重要凭证，建议优先通过协商、调解解决，若必须诉讼，需准备结婚证、子女出生医学记录、男方拒不配合的证据（如聊天记录、录音等）作为诉讼材料。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合您所在地区的政策提供更精准的建议。