核心结论：若还公积金贷款的钱被别的贷款逾期扣了，可按以下步骤处理：1. 立即联系扣款方；2. 与公积金贷款机构沟通；3. 保留证据并考虑法律途径。以下为详细说明：

1. 立即联系扣款方

   • 首先，要尽快与实施扣款的贷款机构取得联系。向他们说明情况，明确指出这笔钱是用于偿还公积金贷款的，并非用于偿还该逾期贷款，要求他们立即将错误扣除的款项返还。在沟通时，要注意保留好通话记录、聊天记录等证据，以备后续需要。
   • 了解扣款的具体原因和依据。查看自己与该贷款机构签订的合同条款，看是否存在可能导致这种错误扣款的约定。如果合同中没有相关合理约定，那么该贷款机构的行为可能涉嫌违规，你有权要求其纠正错误并赔偿因此给你造成的损失，比如因公积金贷款逾期可能产生的罚息、信用受损等。

2. 与公积金贷款机构沟通

   • 及时向公积金贷款机构说明钱被错误扣除的情况，提供相关证据，如扣款记录、与另一贷款机构的沟通记录等。请求公积金贷款机构给予一定的宽限期，避免因资金未及时到账而产生逾期记录，影响个人信用。
   • 如果公积金贷款机构已经因为这笔未按时到账的款项产生了逾期记录，要求他们协助你向征信机构申请更正信用记录。根据《征信业管理条例》的规定，信息主体认为征信机构采集、保存、提供的信息存在错误、遗漏的，有权向征信机构或者信息提供者提出异议，要求更正。

3. 保留证据并考虑法律途径

   • 在整个过程中，要全面保留各种证据，包括但不限于贷款合同、扣款通知、沟通记录、信用报告等。这些证据将在后续可能的纠纷解决中起到关键作用。
   • 如果与扣款方和公积金贷款机构沟通后问题仍未得到解决，你可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。可以向法院提起民事诉讼，要求扣款方返还错误扣除的款项，并赔偿因此给你造成的损失。在诉讼过程中，要依据相关法律法规和证据，清晰地阐述自己的诉求和理由。例如，根据《民法典》中关于不当得利的规定，得利人没有法律根据取得不当利益的，受损失的人可以请求得利人返还取得的利益。