结论：协商还款的约定是否仍然有效，取决于该约定是否具备法律效力以及是否存在导致其失效的情形。在一般情况下，若协商还款的约定合法有效且未被撤销或解除，即使还款期限延长至五年并最终还清，该约定仍然有效。
分析说明：
协商还款约定的法律效力：
- 协商还款是双方当事人基于平等、自愿原则，就债务的偿还方式、期限等达成的合意。这种合意一旦形成，即具有法律约束力，双方均应遵守。
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。因此，只要协商还款的约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是合法有效的。
还款期限延长的影响：
- 还款期限的延长是双方对原债务偿还期限的变更，这种变更同样需要双方当事人的合意，并应当遵循平等、自愿、公平、诚实信用的原则。
- 还款期限的延长并不影响协商还款约定的法律效力。只要双方同意并签订了书面协议（或以其他方式固定了变更内容），该变更即成为协商还款约定的一部分，对双方具有法律约束力。
五年还清后的约定效力：
- 即使还款期限延长至五年并最终还清，这并不意味着协商还款的约定就失去了效力。实际上，只要双方按照约定履行了各自的义务，即债务人按时偿还了债务，债权人接受了偿还，该约定就已经得到了履行，其法律效力也随之实现。
- 当然，如果双方在协商还款的约定中明确规定了某些条款在债务还清后即失效（如担保条款、违约金条款等），那么这些特定条款在债务还清后将不再具有法律效力。但这并不影响协商还款约定整体的有效性。
特殊场景：
- 如果协商还款的约定存在无效情形（如一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；以合法形式掩盖非法目的；损害社会公共利益；违反法律、行政法规的强制性规定等），则该约定自始无效，不受还款期限延长或债务是否还清的影响。
- 如果双方在协商还款过程中发生了争议，且无法通过协商解决，那么任何一方均有权向人民法院提起诉讼或申请仲裁，以维护自己的合法权益。
行动建议：
- 如果您对协商还款的约定是否仍然有效存在疑问，建议您首先回顾双方签订的书面协议（或以其他方式固定的协商内容），查看其中是否有关于约定效力、还款期限、债务还清后的处理等条款。
- 如果书面协议（或协商内容）中未明确规定相关条款，或者您对协议内容存在争议，建议您咨询专业律师，以便根据具体情况进行法律分析和判断。
- 在任何情况下，都建议您保留好与协商还款相关的所有证据（如书面协议、转账记录、聊天记录等），以便在需要时提供证明。
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