非法拘禁案件的立案机关主要根据案件的具体情况来确定，一般由公安机关立案侦查，但涉及国家机关工作人员利用职权实施的非法拘禁案件，则由人民检察院立案侦查（注：监察体制改革后，公职人员的职务违法和职务犯罪案件一般由监察委员会调查）。以下是对这一问题的详细解析：
一、公安机关立案侦查的情形
在大多数情况下，非法拘禁案件由公安机关负责立案侦查。公安机关作为维护社会治安和侦查刑事案件的主要力量，具有广泛的执法权和侦查资源。具体来说，当非法拘禁行为属于一般的刑事案件，不涉及国家机关工作人员利用职权实施的情况时，通常由犯罪地的公安机关管辖。如果犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖更为适宜，也可以由其管辖。例如，张三与李四因债务纠纷，张三将李四关在自己家中限制其自由长达三天，这种普通公民之间因民事纠纷引发的非法拘禁案件，就由公安机关立案侦查。
立案监督：根据《最高人民检察院、公安部关于刑事立案监督有关问题的规定（试行）》，如被害人或其法定代理人、近亲属，或行政执法机关等认为公安机关对其控告或者移送的案件应当立案侦查而不立案侦查，可以向人民检察院提出申请，要求检察院予以立案监督。人民检察院会进行审查并作出相应决定。
二、人民检察院立案侦查的情形
如果是国家机关工作人员利用职权实施的非法拘禁案件，则由人民检察院立案侦查。这体现了人民检察院对国家机关工作人员职务犯罪的法律监督职责。例如，某国家机关工作人员王五，为了达到个人目的，利用自己的职权非法拘禁了赵六，这种情况下该案件就由人民检察院立案侦查。
监察委员会调查：自国家监察体制改革以来，涉及公职人员的职务违法和职务犯罪案件，包括国家机关工作人员利用职权实施的非法拘禁行为，如果符合监察委员会管辖范围，也可能由监察委员会进行调查处置。
三、立案标准与流程
无论是由公安机关还是人民检察院立案侦查，非法拘禁案件的立案标准都是一致的。根据《最高人民检察院关于渎职侵权犯罪案件立案标准的规定》及相关法律法规，非法拘禁罪的立案标准主要包括以下几种情形：
立案流程通常包括报案、受理、审查、决定是否立案等步骤。报案人应向公安机关、人民检察院或人民法院提供详细的案件信息和相关证据材料。司法机关在收到报案后，会对案件进行初步审查，判断其是否属于自己的管辖范围，并决定是否受理。受理后，司法机关将对报案材料进行核实和调查取证，以确定是否存在非法拘禁的事实及是否符合立案标准。最后，根据审查结果，司法机关将作出是否立案的决定。
四、实际操作建议
如果你或你身边的人遭遇了非法拘禁，建议立即向当地的公安机关报案。他们会按照法律程序进行调查和处理。如果认为公安机关未依法立案，可以向人民检察院提出立案监督申请，以确保案件得到公正处理。在整个过程中，务必保持冷静并尽可能保留相关证据（如现场照片、视频、证人证言等），以便后续的法律程序。
综上所述，非法拘禁案件的立案机关需根据具体情况确定，主要由公安机关立案侦查，但涉及国家机关工作人员利用职权实施的案件则由人民检察院立案侦查（或由监察委员会调查）。在实际操作中，应及时向相关机关报案并寻求法律援助，以维护自身合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。