结论：身份被冒用成为公司股东多年才发现且没有直接证据证明的情况下，您仍然可以通过一系列法律手段来维护自己的权益，包括收集间接证据、向公安机关报案、提起民事诉讼以及向工商行政管理部门投诉等。以下是对这些步骤的详细解释和建议：

一、收集间接证据

尽管您可能没有直接的证据证明身份被冒用，但您可以尝试收集一些间接证据来支持您的主张。这些间接证据可能包括：

1. 身份信息泄露的证据：如您发现自己的身份证复印件、照片等被他人非法获取或使用的痕迹。
2. 公司登记材料的异常：检查公司登记材料中您的签名是否与您本人的签名一致，或者是否存在其他明显的异常情况，如登记时的照片与您本人不符等。
3. 公司运营情况的了解：了解公司的运营情况，包括公司是否进行过股东会决议、分红等，以及您是否从未参与过这些活动或从未收到过相关通知。

二、向公安机关报案

如果您怀疑自己的身份被冒用，且可能涉及刑事犯罪（如伪造、变造身份证件罪，或者冒名顶替罪等），您可以向公安机关报案。公安机关将会展开调查，并可能根据调查结果采取相应的刑事措施。

三、提起民事诉讼

1. 确认股东资格之诉：您可以向法院提起确认股东资格之诉，要求法院确认您并非该公司的股东。在诉讼过程中，您需要提供上述收集到的间接证据，并可能需要进行笔迹鉴定等程序来证明公司登记材料中的签名并非您本人所签。
2. 损害赔偿之诉：如果因为身份被冒用而给您造成了经济损失（如因公司债务被牵连而承担的责任等），您还可以在确认股东资格之诉的同时或之后，提起损害赔偿之诉，要求冒名者赔偿您的经济损失。

四、向工商行政管理部门投诉

您还可以向工商行政管理部门投诉，要求撤销错误的股东登记。工商行政管理部门在接到投诉后，将会展开调查，并根据调查结果决定是否撤销错误的登记。如果工商行政管理部门决定撤销登记，那么您的股东身份将被正式解除。

五、注意事项与后续行动

1. 及时行动：一旦发现身份被冒用，应尽快采取行动，以免证据灭失或情况进一步恶化。
2. 保留证据：在采取任何行动之前，确保保留好所有可能的证据，包括上述提到的间接证据以及任何与案件相关的文件、通知等。
3. 咨询专业律师：在整个过程中，建议您咨询专业律师的意见，以确保您的权益得到充分保护。律师可以为您提供法律建议、协助您收集证据、起草法律文件以及代表您出庭等。

最后，身份被冒用成为公司股东是一个复杂且敏感的问题，需要您采取谨慎而有力的措施来维护自己的权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。