判决生效后两年内未申请执行，您将丧失申请法院强制执行的权利，但实体权利本身并不消灭。以下是对此问题的详细分析：
一、申请执行权利的丧失
根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，申请执行的期间一般为两年，即申请执行时效期间。若在此期间内未向法院提出执行申请，且不存在时效中止、中断的情形，那么之后将丧失申请强制执行的权利。这意味着，即使您拥有法院的生效判决，错过这个申请执行的时间窗口后，也将无法通过法院强制对方履行判决。具体表现为：
法院不再提供强制执行保障：超过申请执行时效期间后，若您向法院申请强制执行，法院经审查会裁定不予受理或驳回执行申请。此时，法院不再运用国家强制力去查询、冻结、划拨被申请执行人的存款，或查封、扣押、拍卖、变卖其财产等。
执行程序的终止：一旦进入执行程序后发现超过时效，且被执行人提出时效抗辩，人民法院会裁定不予执行，从而终止执行程序。
二、被执行人的执行时效抗辩权
在执行时效期间届满后，如果被执行人以申请执行时效期间届满为由向法院提出异议，并且法院经审查认为异议成立，那么法院将裁定不予执行。这意味着被执行人获得了执行时效抗辩权，可以拒绝履行判决书中确定的义务，而法院也不会再对其采取任何强制执行措施。但值得注意的是，如果被执行人未提出执行时效抗辩，人民法院则不得主动适用执行时效的规定进行审查，执行程序仍会继续进行。
三、实体权利的不消灭
尽管超过两年未申请执行会导致丧失申请强制执行的权利，但您的实体权利本身并没有因此消灭。如果债务人自愿履行义务，您仍然有权接受。此外，如果债务人履行部分义务后又以不知道申请执行时效期间届满为由请求返还已履行部分的，人民法院将不予支持。
四、后续建议
尝试与被执行人协商：虽然您丧失了申请强制执行的权利，但仍可以尝试与被执行人进行协商，看是否能够达成和解协议，分期履行债务或采取其他方式解决纠纷。
关注被执行人财产状况：即使超过申请执行时效期间，如果发现被执行人有新的财产线索或具备执行条件，您仍可以尝试向法院提供相关信息，看是否能够恢复执行或采取其他法律措施。不过，这需要法院根据具体情况进行审查和判断。
寻求其他法律途径：如果协商无果且无法恢复执行，您可以考虑通过其他法律途径来维护自己的权益，比如重新起诉（如果满足条件）或寻求其他法律救济方式。但需要注意的是，重新起诉可能会面临诉讼时效等问题，因此需要谨慎考虑。
最后需要强调的是，判决生效后务必及时关注并行使自己的权利，避免因超过申请执行时效期间而丧失强制执行的机会。如果您在执行过程中遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议和指导。