当发现原告主体不适格时，法院将依据不同情况作出相应处理，包括不予受理、驳回起诉或允许原告撤回起诉，并保障原告的上诉权利及变更诉讼主体后重新起诉的权利。以下是对这一问题的详细分析：
一、原告主体适格的审查与判断标准
根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，起诉必须符合下列条件，其中之一便是原告需与本案有直接利害关系。这是判断原告主体是否适格的核心标准。如果原告与案件没有直接利害关系，那么其就不具备提起诉讼的资格。
二、立案阶段的处理方式
法院依职权审查：在立案审查阶段，法院会对原告是否具备诉讼主体资格进行初步审查。如果发现原告明显不符合主体资格条件，例如与案件没有直接利害关系，法院将依据法律规定裁定不予受理该案件。
告知与撤回：若在立案受理后、审理过程中发现原告主体不适格，法院会及时告知原告这一情况，并给予原告选择撤回起诉的机会。这是为了保障原告的诉讼权利，避免不必要的法律纠纷和诉讼成本。
三、审理与裁判阶段的处理方式
裁定驳回起诉：如果原告在得知主体不适格后仍然拒不撤回起诉，或者经审查确实认定原告主体不适格，法院将依法作出民事裁定书，裁定驳回原告的起诉。这意味着法院不就案件的实体问题进行审理，只是从程序上判定原告不具有提起该诉讼的资格。驳回起诉的裁定一旦作出并生效，原告如果没有新的事实和理由，不得就同一诉讼请求再次起诉。
释明正确的诉讼主体：在裁定驳回起诉时，法院可以根据案件的具体情况，向原告释明正确的诉讼主体应该是谁。这有助于原告正确行使诉讼权利，避免因主体不适格而导致的诉讼障碍。
四、后续处理与救济途径
上诉权利：原告如果对驳回起诉的裁定不服，可以在法定的上诉期限内向上一级人民法院提起上诉。上诉状应当包括上诉人与被上诉人的基本信息、具体明确的上诉请求以及案件的事实和理由、法律法规的依据等。上级法院会对一审法院关于原告主体是否适格的裁定进行审查，并作出维持原裁定或撤销原裁定并指令一审法院继续审理等不同处理结果。
变更诉讼主体重新起诉：原告在知晓主体不适格后，经过调整，可以以适格的主体重新提起诉讼。但要注意，重新起诉时要确保符合起诉的条件，并遵循民事诉讼的相关程序规定。例如，如果原原告是某个公司的分支机构，但该分支机构不具备独立法人资格，那么原原告在重新起诉时可能需要以总公司作为适格的原告。
五、实务建议
起诉前尽职调查：在提起诉讼前，原告应仔细核实自己的诉讼主体资格，确保与案件有直接利害关系。同时，也要对被告的主体资格进行核实，避免因被告主体不适格而导致的诉讼风险。
寻求专业帮助：如果原告对诉讼主体是否适格存在疑问，或者无法自行确定适格的诉讼主体，可以寻求律师或其他法律专业人士的帮助。他们可以提供专业的法律意见和指导，帮助原告正确行使诉讼权利。
及时应对法院通知：如果法院在立案或审理过程中发现原告主体不适格，并通知原告时，原告应及时回应并配合法院的工作。如果原告认为法院的通知有误或存在争议，可以及时提出异议并寻求法律救济。
综上所述，处理原告主体不适格的情况需严格遵循法定程序，既保障法院的审判权威，也充分尊重和保护当事人的诉讼权利。如果您在司法行政领域遇到任何问题，都可以直接向我咨询。