通过验证码签订协议，其有效性并非仅由验证码本身决定，而是需要综合考量多个因素。以下是对这一问题的详细解答：
首先，我们要明确的是，验证码在电子合同签署过程中，通常作为身份验证的一种手段，用于确认签署者的身份。然而，验证码本身并不直接等同于电子签名，也不足以单独证明协议的有效性。
要判断通过验证码签订的协议是否有效，我们需要参考《中华人民共和国电子签名法》等相关法律法规。根据这些法规，电子合同的效力认定主要考虑以下几个方面：
签署合同主体身份：必须确认签署合同的主体具备相应的民事行为能力，且身份真实可靠。这通常通过电子合同签约平台对居民进行实名认证、人脸识别、手机验证等方式来确认。验证码可以作为手机验证的一部分，但并非唯一手段。
可靠的电子签名或印章：电子合同需要可靠的电子签名或印章来确保签署者的真实意愿。这通常通过数字证书、时间戳等技术手段来确认。验证码并不直接构成电子签名或印章。
合同内容未被单方篡改：电子合同签署后，必须确保合同内容未被单方篡改。这可以通过修改留痕情况来确认，即合同签署后，任何修改都会留下痕迹，可供验证。
合同可验证真实性，具有原件效力：电子合同应该能够验证其真实性，并具有与原件同等的法律效力。这通常通过电子合同签署平台或第三方进行保存，并提供线上验证服务来确认。
针对您提到的通过验证码签订协议的情况，如果仅凭验证码就完成了协议的签署，而没有满足上述其他条件（如可靠的电子签名、合同内容未被篡改等），那么这份协议的有效性可能会受到质疑。因为验证码虽然可以作为一种身份验证手段，但并不能完全替代电子签名和印章的法律效力。
因此，为了确保电子合同的有效性，建议您在签署电子合同时，选择与CA机构合作且有出具证明文件能力的平台，使用可靠的电子签名和印章，并确保合同内容未被单方篡改。同时，您也可以考虑将合同同步到公证机构的线上系统，以获得公证，进一步增强合同的法律效力。
总的来说，通过验证码签订协议的有效性取决于多个因素的综合考量。为了确保您的权益，建议您在签署电子合同时，遵循相关法律法规和最佳实践，确保合同的安全性和有效性。