结论：农村集体林地确权后发现边界不清，可以通过民事起诉的方式请求法院进行确权。
法律背景与依据：
物权法相关规定：虽然原《物权法》已废止，但现行《中华人民共和国民法典》物权编中，对于不动产的权属争议有明确规定。根据《民法典》第二百三十四条：“因物权的归属、内容发生争议的，利害关系人可以请求确认权利。”这一条款为通过民事诉讼解决林地边界不清问题提供了法律依据。
土地管理法相关规定：《中华人民共和国土地管理法》第十四条规定：“土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。”在林地确权后边界不清的情况下，若协商不成，可先请求人民政府处理，对处理决定不服的，再向人民法院起诉。但实践中，若直接起诉请求法院确权，法院在符合受理条件的情况下也会进行审理。
法律建议：
收集证据：在提起民事诉讼前，应尽可能收集与林地权属、边界相关的证据，如林权证、土地承包合同、历史沿革资料、现场照片、证人证言等。这些证据将有助于法院查明事实，作出公正判决。
协商调解：在提起诉讼前，可以尝试与相邻方进行协商调解，看是否能够达成一致意见，明确边界。协商调解具有成本低、效率高的优点，有助于维护邻里关系和谐。
提起诉讼：若协商调解无果，可以向有管辖权的人民法院提起民事诉讼，请求法院对林地边界进行确权。在诉讼过程中，应积极配合法院的调查取证工作，如实陈述事实，提供证据。
可能的法律后果：
法院判决：若法院经审理认为证据充分、事实清楚，将依法作出判决，明确林地边界。判决具有法律效力，双方应遵守执行。
执行问题：若一方不履行法院判决，另一方可以申请法院强制执行。法院将依法采取强制措施，确保判决得到履行。
诉讼风险：诉讼过程中存在一定风险，如证据不足、事实不清等可能导致败诉。因此，在提起诉讼前应充分评估风险，做好充分准备。
特殊情况说明：
若林地边界不清的问题涉及多个行政区域或多个利益主体，情况可能更为复杂。此时，可能需要协调多个政府部门或利益主体共同参与解决。在这种情况下，建议寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自身权益。
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