经济补偿金通常不包含应发未发的工资，但具体是否包含需依据补偿金协议中的约定来判断。以下从多个角度进行详细分析：

1. 经济补偿金与未发工资的性质区别

   • 经济补偿金是用人单位在解除或终止劳动合同时，依法向劳动者支付的一次性经济补偿，其目的在于保障劳动者在劳动关系变动时的权益。其计算基数通常是劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资，但这一基数并不包含未发放的正常劳动报酬。
   • 未发工资则是劳动者基于已提供的劳动应得的报酬，是劳动报酬的一部分。它反映了劳动者已经付出的劳动成果，与经济补偿金的性质存在本质区别。

2. 补偿金协议约定的法律效力

   • 如果补偿金协议中明确约定包含未发工资，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么该约定具有法律效力。例如，协议中可能明确写明“补偿金包含截至离职日的未发工资、经济补偿等所有应支付款项”。在这种情况下，经济补偿金就包含了应发未发的工资。
   • 若补偿金协议中没有关于未发工资的任何表述，或者表述模糊不清，则未发工资不能被认为包含在补偿金中。此时，劳动者有权要求用人单位另行支付未发工资，用人单位也有义务按照工资支付的相关规定及时、足额发放给劳动者。

3. 用人单位的义务与劳动者的权益

   • 用人单位在解除劳动合同时，有义务结清劳动者的工资，并另行计算和支付经济补偿金。这是用人单位的基本法律义务，也是保障劳动者权益的重要措施。
   • 如果用人单位存在拖欠工资的情况，劳动者可以通过多种途径来维护自己的合法权益，包括协商、调解、投诉举报、申请仲裁或提起诉讼等。在维权过程中，劳动者应保留好相关证据，如工资条、劳动合同、解除或终止劳动合同的证明等，以便在需要时提供证明。

4. 实践建议

   • 在制定补偿金协议时，用人单位和劳动者应明确区分经济补偿金和未发工资，确保劳动者的合法权益得到保障。补偿金协议应仅包含经济补偿金的相关条款，如补偿金额、支付方式、支付时间等，避免将未发工资等无关内容混入其中。
   • 劳动者在签订补偿金协议时，应仔细阅读协议内容，确保自己的权益不受损害。如果协议中存在不明确或模糊的地方，应及时向用人单位提出疑问或咨询专业律师进行解答。

总结来说，经济补偿金是否包含应发未发的工资，主要取决于补偿金协议中的具体约定。如果协议中有明确约定，则按约定执行；如果协议中没有约定或约定不明，则经济补偿金通常不包含应发未发的工资。在实际操作中，用人单位和劳动者应明确区分经济补偿金和未发工资的性质和计算方式，确保劳动者的合法权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。