工程违约金的扣除需严格遵循合同约定及《民法典》等相关法律法规，在符合一定条件下，违约金是可以从工程造价中扣除的，这一做法是合法的。以下是对这一问题的详细分析：
一、违约金扣除的合法性基础
合同约定优先：在工程合同中，双方可以明确约定违约金的数额或计算方法。只要这些约定不违反法律法规的强制性规定，如违约金数额不过分高于或低于实际损失，那么这些约定就是有效的，并可以作为扣除违约金的依据。
法律法规支持：根据《民法典》等相关法律法规，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金。当一方违约时，另一方有权要求按照合同约定扣除违约金。
二、违约金扣除的具体条件与步骤
确认违约金条款的有效性：
- 违约金条款必须符合法律法规的规定，特别是关于违约金数额的限制。通常，违约金超过造成损失的百分之三十可被视为“过分高于造成的损失”，此时当事人可以请求人民法院或仲裁机构予以适当减少。
- 合同本身必须合法有效，无违反法律法规强制性规定、欺诈、胁迫等情形，否则违约金条款无效。
认定违约行为：
- 根据合同条款，明确哪些行为构成违约，如工期延误、工程质量不达标等。
- 通过工程进度报告、质量检测报告、往来函件等证据，证明违约行为的发生时间、具体情况及其对另一方的影响。
计算违约金数额：
- 如合同中有明确的违约金数额或计算方法，应严格按照约定执行。
- 若违约金过分高于或低于实际损失，当事人可请求人民法院或仲裁机构适当调整。
进行违约金扣除：
- 双方可先通过协商，在应付工程款中直接扣除违约金，并书面通知对方。这种方式简便快捷，有助于维护双方的良好合作关系。
- 若协商不成，可通过诉讼或仲裁等法律途径实现违约金的扣除。获得生效判决或裁决后，可通过强制执行程序执行。
通知与记录：
- 无论采用何种方式扣除违约金，都必须向违约方发出书面通知，详细说明违约事实、违约金计算依据及扣除金额。
- 妥善保存与违约金扣除相关的所有文件，包括合同、违约证据、计算过程、通知文件等，以备后续可能的纠纷处理。
三、实际操作中的注意事项
- 遵守法律法规限制：在扣除违约金时，应遵守相关法律法规对违约金数额或扣除方式的限制，确保扣除行为的合法性。
- 争议解决：如遇争议，首先尝试友好协商解决；协商不成时，可寻求法律援助或提起仲裁/诉讼，确保争议得到公正解决。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份工程合同，约定了工期延误的违约金计算方法。在施工过程中，乙方因故延误了工期，甲方根据合同约定计算了违约金数额，并与乙方进行了协商。双方达成一致后，甲方在应付乙方的工程款中直接扣除了违约金，并书面通知了乙方。这一做法就是合法且有效的。
综上所述，工程违约金的扣除是一个需要综合考虑合同约定、法律法规、违约行为、实际损失等多个因素的复杂过程。在实际操作中，如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。