核心结论：贷款卡提前还款资金涉案但已扣贷款的情况下，具体处理方式需根据涉案性质、资金来源合法性、是否涉及刑事犯罪等因素综合判断，可能涉及资金冻结、解除冻结、追责或返还等不同结果。以下分情况说明：

1. 若涉案资金为合法还款资金，且案件与您无关
   若您提前还款的资金来源合法（如自有资金、合法借贷），且案件系他人利用您的账户或信息实施犯罪（如诈骗、洗钱），但您本人无主观故意或过失，则：

   • 资金冻结与解除：公安机关可能因侦查需要暂时冻结您的账户或已扣款项，但查明与案件无关后，会依法解除冻结并返还资金。
     
   • 配合调查义务：您需配合提供还款记录、资金来源证明等材料，以证明资金合法性。
     
   • 风险提示：若账户被长期冻结影响生活，可向公安机关申请解除冻结，或通过行政复议、诉讼等途径维权。

2. 若涉案资金为非法所得，或您涉及共同犯罪
   若您明知还款资金来源非法（如赃款、赌博资金），或与他人共谋利用贷款卡实施犯罪（如套取贷款后转移资金），则：

   • 资金追缴与没收：已扣贷款可能被认定为违法所得，依法予以追缴或没收，即使您已还款也可能面临补缴或处罚。
     
   • 刑事责任风险：您可能因涉嫌掩饰、隐瞒犯罪所得罪、洗钱罪等被追究刑事责任，需承担罚金、拘役甚至有期徒刑等后果。
     
   • 建议措施：立即停止相关行为，主动向公安机关说明情况，争取从轻处理；若已被立案侦查，尽快委托律师介入辩护。

3. 若案件涉及银行或第三方机构过错
   若银行未尽审核义务导致他人利用您的账户实施犯罪（如冒名贷款、账户被盗用），或第三方支付平台存在安全漏洞，则：

   • 责任划分：银行或第三方机构可能需承担部分或全部责任，您可要求其赔偿因账户冻结、资金损失等产生的合理费用。
     
   • 维权途径：通过协商、投诉（如向银保监会、支付清算协会举报）或诉讼（如侵权责任纠纷）主张权利。

温馨提示：

• 保留所有还款记录、合同、沟通凭证等证据，以备后续维权使用。
  
• 若账户被冻结或收到司法机关通知，务必第一时间咨询专业律师，避免因操作不当加重法律风险。
  
• 如有进一步疑问或需具体法律方案，可直接向我提问，我将结合您的实际情况提供详细解答。