结论：农村土地里的沟荒废后，是否可以自行耕种，需根据沟的性质、土地权属及当地政策综合判断，不可一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、沟的性质与土地权属
沟属于集体所有：
- 若沟属于农村集体所有，且未被明确划定为其他用途（如水利设施、公共通道等），在荒废且未影响集体利益的前提下，理论上个人可能通过合法程序（如承包、租赁等）获得耕种权。但直接自行耕种可能涉及侵权，需先与集体协商并办理相关手续。
- 法律依据：根据《土地管理法》第九条，农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国家所有的以外，属于农民集体所有。因此，集体所有的土地需经集体同意方可使用。
沟属于个人宅基地或承包地范围：
- 若沟位于个人宅基地或承包地范围内，且原用途为排水、灌溉等辅助功能，荒废后个人可能享有耕种权，但需确保不改变土地用途（如从农用地转为建设用地）或损害他人利益。
- 法律依据：根据《土地管理法》第十三条，家庭承包的耕地、草地、林地等，承包方享有承包地使用、收益的权利，有权自主组织生产经营和处置产品。但需遵守土地用途管制制度。
二、当地政策与规划
政策限制：
- 即使沟荒废，若当地政策明确禁止耕种（如为生态保护、水利设施保护等），则自行耕种可能面临行政处罚或强制恢复原状。
- 建议：耕种前应咨询当地农业农村部门或自然资源部门，了解政策限制。
规划调整：
- 若沟所在区域被纳入土地整治、高标准农田建设等规划，个人可能需配合集体或政府进行土地调整，此时自行耕种可能不符合规划要求。
- 法律依据：根据《土地管理法》第四条，国家实行土地用途管制制度，将土地分为农用地、建设用地和未利用地，严格限制农用地转为建设用地，控制建设用地总量，对耕地实行特殊保护。
三、法律风险与后果
侵权风险：
- 若沟属于集体所有或他人承包地范围，未经同意自行耕种可能构成侵权，需承担停止侵害、赔偿损失等民事责任。
- 案例参考：类似案件中，法院通常根据土地权属、耕种行为是否影响他人利益等因素综合判断侵权成立与否。
行政处罚风险：
- 若耕种行为违反土地管理法规（如改变土地用途、破坏耕地等），可能面临罚款、责令恢复原状等行政处罚。
- 法律依据：根据《土地管理法》第七十五条，违反本法规定，占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，可以并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
四、建议与操作步骤
确认权属与性质：
- 向村委会或当地自然资源部门查询沟的土地权属、性质及用途，明确是否可耕种。
办理手续：
- 若需耕种，应与集体或土地权利人协商，签订书面协议并办理相关手续（如承包合同、租赁协议等）。
遵守政策与规划：
- 耕种过程中需遵守当地政策与规划要求，不得改变土地用途或损害他人利益。
咨询专业意见：
- 若对权属、政策或法律后果存在疑问，建议咨询专业律师或当地农业农村部门、自然资源部门。
总结：农村土地里的沟荒废后是否可以自行耕种，需根据沟的性质、土地权属及当地政策综合判断。在未经明确同意或未办理相关手续的情况下，直接自行耕种可能涉及侵权或违法风险。因此，建议先确认权属与性质，再办理必要手续并遵守政策与规划要求。如有疑问，可直接向我咨询。