合同发生变更时，一般需要遵循以下程序：
提出变更提议：
- 合同中的任何一方，在因客观情况变化或其他合理原因需要变更合同条款时，应首先向对方明确提出变更请求。这一请求应当清晰阐述变更的具体内容、原因以及期望的答复期限。例如，在建筑工程合同中，若因施工场地条件变化需调整施工方案，承包方应及时向发包方提出变更意向。
- 提议应以书面形式为主，以确保意思表示清晰，避免后续纠纷。在特定情况下，如即时清结的简单合同，也可采用口头形式，但需有证据支持，以防万一。
双方协商：
- 接收变更提议的一方，应认真考虑该提议，并与提议方展开充分沟通。双方需就变更的必要性、可行性及其对合同其他条款的影响进行深入讨论，寻求共识。
- 协商过程中，双方应遵循公平、自愿、诚实信用的原则，尊重对方意见，不得恶意拖延或拒绝变更，以维护良好的商业信誉和合作关系。
达成变更协议：
- 经过充分协商，若双方就变更内容达成一致意见，应形成书面的变更协议。该协议应明确规定变更的内容、生效时间、双方权利义务的调整等关键事项。
- 变更协议应由双方当事人或其授权代表签署确认，签字盖章后的变更协议与原合同具有同等法律效力，成为合同的重要组成部分。
履行法定手续：
- 对于某些特定类型的合同变更，如中外合资企业合同、土地使用权合同等，可能需要办理批准、登记等手续。当事人应按照法律规定完成相关手续，以确保合同变更的合法性和有效性。
- 手续完成后，合同变更方具法律效力；未履行法定手续可能导致变更无效或不产生对抗第三人效力。
特殊情形下的合同变更：
- 在特定情形下，如因重大误解、显失公平、欺诈、胁迫等原因，合同变更可基于法律规定或法院、仲裁机构的裁判进行。此时，当事人需向法院或仲裁机构提出申请，并提供相应证据。裁判生效后，合同将按裁判内容进行变更。
合同变更的注意事项：
通知保证人/抵押人：
- 如合同涉及保证人或抵押权人，变更时需及时通知并征得其同意，以确保担保关系的连续性。
保存变更记录：
- 变更后的协议应与原合同一起妥善保存，作为日后解决争议的重要依据。同时，合同变更过程中涉及的所有相关文件，如变更请求、协商记录、变更协议等，都应整理存档。
遵循诚信原则：
- 在整个变更过程中，双方应秉持诚信原则，不得恶意拖延或拒绝变更，以维护良好的商业信誉和合作关系。
结论：
合同变更是一个涉及法律、商业及诚信原则的复杂过程。为确保变更的合法性和有效性，双方应严格按照法定程序进行操作，并注意保留相关证据和文件。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。