虚开发票金额490万，将面临严厉的行政处罚，甚至可能涉及刑事责任，具体处理方式需根据实际情况判断。以下分情况详细说明：
一、行政处罚层面
罚款：根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十七条，虚开发票的，由税务机关没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可以并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。对于虚开金额490万的情况，罚款数额很可能接近或达到50万元的上限。
其他行政措施：除了罚款外，税务机关还可能采取其他行政措施，如收缴发票、停止向其发售发票等，以进一步遏制虚开发票行为。
二、刑事责任层面
虚开增值税专用发票罪：如果虚开的是增值税专用发票，且虚开税款数额较大（一般指1万元以上），则可能构成虚开增值税专用发票罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条，虚开税款数额较大或者有其他严重情节的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金；虚开的税款数额巨大或者有其他特别严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。对于虚开金额490万的情况，如果涉及税款数额巨大，将面临严厉的刑事处罚。
虚开发票罪：如果虚开的是普通发票，且情节严重（如虚开发票份数多、金额大等），则可能构成虚开发票罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条之一，情节严重的，处二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节特别严重的，处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。虽然普通发票的刑事处罚相对较轻，但虚开金额490万仍可能构成情节特别严重的情况。
三、处理建议
立即停止虚开发票行为：一旦发现虚开发票行为，应立即停止，并主动向税务机关报告，争取从轻处理。
配合税务机关调查：积极配合税务机关的调查工作，提供真实、完整的账簿、记账凭证、报表和其他有关资料，以便税务机关准确认定违法事实和情节。
寻求专业法律帮助：由于虚开发票行为可能涉及复杂的法律问题和严重的法律后果，建议寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自身合法权益。
整改与合规：在处理完虚开发票问题后，应加强内部管理，完善发票管理制度，确保今后不再发生类似问题。