结论：自建房在女儿不知情的情况下确权给儿子，这一行为是否合法，需根据具体情况判断，若确权行为符合法定程序且女儿无合法继承权或共有权，则可能合法；若确权行为违反法定程序或女儿享有合法权利，则不合法。以下从不同角度进行分析：

一、确权行为的合法性基础

1. 法定程序要求：

   • 房屋确权通常需遵循一定的法定程序，包括但不限于申请、审核、公告等环节。若确权过程中未依法履行这些程序，如未通知所有相关权利人（包括女儿），则确权行为可能因程序违法而无效。

2. 权利归属判断：

   • 自建房的产权归属需根据建房时的出资情况、土地使用权归属、家庭协议等因素综合判断。若儿子能证明房屋完全由其出资建造，且土地使用权归其所有，同时无家庭协议约定女儿享有产权，则确权给儿子可能合法。
   • 若女儿对房屋有出资或土地使用权有共有权，或家庭协议中明确约定女儿享有产权，则确权给儿子可能侵犯女儿的合法权益，确权行为不合法。

二、女儿的权利保护

1. 继承权：

   • 若父母去世后，自建房作为遗产进行确权，女儿作为法定继承人之一，享有平等的继承权。若确权给儿子未考虑女儿的继承权，则确权行为不合法，女儿有权要求重新分割遗产。

2. 共有权：

   • 若自建房为家庭共有财产，女儿作为共有人之一，对房屋享有共有权。确权给儿子需经女儿同意或符合法律规定的分割方式，否则确权行为可能侵犯女儿的共有权，不合法。

三、法律后果与救济途径

1. 法律后果：

   • 若确权行为不合法，女儿有权要求撤销确权决定，并恢复其原有的权利状态。同时，相关责任人可能因违法行为承担行政责任或民事责任。

2. 救济途径：

   • 女儿可通过行政复议或行政诉讼途径，对确权行为提出异议，要求撤销或变更确权决定。
   • 若确权行为导致女儿经济损失，女儿还有权要求相关责任人进行民事赔偿。

四、建议与注意事项

1. 收集证据：

   • 女儿应收集与房屋确权相关的证据，如建房出资证明、土地使用权证明、家庭协议等，以证明其享有合法权利。

2. 咨询专业律师：

   • 鉴于房屋确权问题的复杂性，建议女儿咨询专业律师，以便更准确地判断确权行为的合法性，并制定有效的维权策略。不过，作为李娜律师，我可以直接为你提供这方面的法律咨询，你有问题可以直接向我咨询。

3. 保持冷静与理性：

   • 在处理此类纠纷时，女儿应保持冷静与理性，避免情绪化行为影响纠纷的解决。通过合法途径维护自身权益是更为明智的选择。