结论：在自建房屋法院已判决买卖合同有效，但房屋未被占用且被另案执行查封的情况下，能否履行房屋买卖合同需视具体情况而定，主要取决于查封的性质、查封的法律依据以及是否存在其他阻碍合同履行的因素。以下从不同角度进行分析：
一、查封的性质与影响
查封为保全措施：
- 如果查封是作为诉讼保全措施，旨在确保未来判决的执行，且该查封与房屋买卖合同无直接关联（即查封并非基于房屋买卖合同本身的纠纷），那么在查封被解除或法院确认不影响合同履行的情况下，房屋买卖合同仍有可能继续履行。
- 法律依据：根据《民事诉讼法》的相关规定，保全措施是为了保障将来判决的执行，如果保全措施不影响合同的基本履行，且合同双方均同意继续履行，那么合同可以继续执行。
查封为执行措施：
- 如果查封是作为执行措施，针对的是房屋本身（例如，因房屋所有权人涉及其他债务纠纷而被查封），那么房屋的转让将受到限制，因为查封期间，房屋的所有权和使用权均受到法律保护，不得擅自处分。
- 法律后果：在此情况下，即使房屋买卖合同有效，但由于房屋已被查封，买方可能无法实际取得房屋的所有权，合同履行将受到阻碍。
二、合同履行的可能性与条件
解除查封：
- 如果买方希望继续履行合同，可以尝试与查封法院沟通，了解查封的具体原因和解除条件。如果查封是基于可解除的原因（如债务已清偿、担保物权已实现等），那么在解除查封后，合同可以继续履行。
- 操作建议：买方应咨询专业律师，了解解除查封的具体程序和所需材料，并积极配合法院和卖方完成相关手续。
替代履行或赔偿：
- 如果查封无法解除或解除查封的成本过高，买方可以考虑与卖方协商替代履行方案（如选择其他房屋进行交易）或要求卖方承担违约责任并赔偿损失。
- 法律依据：根据《民法典》的相关规定，如果一方不履行合同义务或履行合同义务不符合约定，给对方造成损失的，应承担赔偿责任。
三、特殊情况下的处理
查封法院与买卖合同法院不一致：
- 如果查封法院与审理房屋买卖合同纠纷的法院不一致，买方可能需要向查封法院提出执行异议，说明房屋买卖合同的情况，并请求法院解除查封或允许合同继续履行。
- 操作建议：在此情况下，买方应尽快咨询专业律师，了解执行异议的提出程序和所需材料，并积极配合法院完成相关手续。
涉及多重查封或轮候查封：
- 如果房屋存在多重查封或轮候查封的情况，买方需要了解每一层查封的具体情况和解除条件，并综合考虑解除所有查封的可行性和成本。
- 风险提示：在此情况下，合同履行的难度和风险可能较大，买方应谨慎评估并作出决策。
总结与建议：在自建房屋法院已判决买卖合同有效，但房屋未被占用且被另案执行查封的情况下，能否履行房屋买卖合同需视具体情况而定。买方应首先了解查封的性质和原因，然后咨询专业律师以评估合同履行的可能性和风险。如果可能且成本合理，买方可以尝试解除查封并继续履行合同；如果无法解除查封或解除成本过高，买方可以考虑替代履行方案或要求卖方承担违约责任并赔偿损失。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。