婚外情结束且钱已还清的情况下，一般无需进一步处理，但需根据具体情况确认债务性质及处理方式，并注意保留相关证据和遵循法律程序。以下从不同角度为您详细分析：
一、明确债务性质及已还清的确认
债务性质回顾：
- 正常借贷关系：若婚外情期间产生的债务为正常借贷，如一方因生意周转向另一方借款，并出具了借条等证据，那么该债务在还清后即告消灭，无需进一步处理。
- 赠与关系：若债务为赠与性质，如一方为维持婚外情关系而自愿给予另一方财物，且未明确表示是借款，那么赠与一旦完成，通常不能要求返还。在钱已还清的情况下，若该“还清”实为赠与的完成，则同样无需进一步处理。
- 违背公序良俗的特殊款项：若用夫妻共同财产支付给第三者，违背公序良俗，配偶有权要求返还。但在此情况下，若钱已还清（即第三者已将款项返还给出轨方或出轨方已用个人财产偿还），则出轨方与第三者之间的债务关系消灭，但出轨方可能面临配偶的进一步追责（如要求出轨方赔偿因擅自处分夫妻共同财产而造成的损失）。
已还清的确认：
- 确保双方对“已还清”有明确的共识，并保留相关证据，如转账记录、收条等，以避免未来可能出现的纠纷。
二、处理方式及注意事项
协商确认：
- 双方可以友好协商，确认债务已还清，并签署书面协议（如还款确认书），以明确双方的权利义务关系。
证据保存：
- 无论是借款还是其他债务关系，保存相关证据都至关重要。在钱已还清的情况下，仍需保留借条、转账记录、聊天记录等证据材料，以备不时之需。
法律风险防范：
- 避免不当手段：在追讨欠款（若之前存在未还清的情况）或确认已还清的过程中，避免使用威胁或恐吓等不当手段，以免触犯法律。
- 保护隐私：处理婚外情欠款纠纷时，注意保护自己和他人隐私，避免纠纷公开化，减少不必要的困扰。
特殊情况处理：
- 若出轨方用夫妻共同财产支付给第三者，且钱已“还清”（实为第三者返还给出轨方），但出轨方未告知配偶或配偶对此不知情，配偶仍有权要求出轨方赔偿因擅自处分夫妻共同财产而造成的损失。在此情况下，出轨方需与配偶进行协商，或通过法律途径解决纠纷。
三、法律建议
咨询专业意见：
- 若您对婚外情结束后的债务处理存在疑问或担忧，建议咨询专业律师（即向我咨询），以获取更具体的法律建议。
遵循法律程序：
- 在处理婚外情欠款纠纷时，务必遵循法律程序，不要采取非法手段或逃避法律责任。
关注诉讼时效：
- 一般的债权债务纠纷诉讼时效为三年，从约定的还款期限届满之日起计算。若您认为自己的权益受到侵害，请及时主张权利，避免超过诉讼时效丧失胜诉权。
示例说明：
- 示例一：甲与乙存在婚外情关系，期间甲向乙借款10万元，并出具了借条。后甲用个人财产偿还了该笔借款，并保留了转账记录作为证据。在此情况下，甲与乙之间的债务关系已消灭，无需进一步处理。
- 示例二：丙与丁存在婚外情关系，丙未经配偶同意用夫妻共同财产为丁购买了一辆汽车。后丁将汽车返还给丙（或丙用个人财产赔偿了丁），但丙未告知配偶此事。在此情况下，丙的配偶仍有权要求丙赔偿因擅自处分夫妻共同财产而造成的损失。
总结来说，婚外情结束且钱已还清的情况下，一般无需进一步处理，但需根据具体情况确认债务性质及处理方式，并注意保留相关证据和遵循法律程序。若您对此存在疑问或担忧，请随时向我咨询。