结论：非法经营第三类医疗器械罪中，违法所得两万元这一情节，既可能涉及行政处罚，也可能构成刑事犯罪，具体取决于案件的其他情节和证据情况。

一、行政处罚角度

根据《医疗器械监督管理条例》的相关规定，对于未经许可擅自经营第三类医疗器械的行为，如果情节较轻，尚未达到刑事犯罪的标准，那么相关监管部门有权对其进行行政处罚。行政处罚的种类可能包括没收违法所得、罚款、没收违法经营的医疗器械等。因此，如果违法所得两万元是非法经营第三类医疗器械的唯一或主要情节，且未造成严重后果，那么该行为可能仅受到行政处罚。

二、刑事犯罪角度

然而，如果非法经营第三类医疗器械的行为情节严重，达到了刑事犯罪的标准，那么该行为将构成非法经营罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非法经营罪是指违反国家规定，非法经营，扰乱市场秩序，情节严重的行为。对于非法经营第三类医疗器械罪，如果违法所得数额较大或者有其他严重情节，如经营数量较大、造成严重后果等，那么该行为将构成刑事犯罪，并可能面临有期徒刑、拘役、罚金等刑事处罚。在违法所得两万元的情况下，如果同时存在其他严重情节，如经营数量巨大、造成多人健康损害等，那么该行为很可能构成刑事犯罪。

三、综合判断

在实际案件中，判断非法经营第三类医疗器械罪是否构成刑事犯罪，需要综合考虑多个因素，包括违法所得的数额、经营的数量、造成的后果、行为人的主观故意等。因此，不能仅凭违法所得两万元这一情节就断定该行为是行政处罚还是刑事犯罪。如果案件情节较轻，未达到刑事犯罪的标准，那么可能仅受到行政处罚；如果案件情节严重，达到了刑事犯罪的标准，那么将构成刑事犯罪，并面临相应的刑事处罚。

四、建议

如果您或您身边的人涉及非法经营第三类医疗器械的行为，并担心可能面临的法律责任，我建议您及时咨询专业律师，以便更准确地评估案件情况，并制定相应的法律策略。同时，我也提醒您，无论面临何种法律责任，都应积极配合相关部门的调查和处理，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。