结论：小区不让绿牌车（通常指新能源汽车）进车库是否违法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 若小区有合法合理的规定且已公示

• 法律背景：小区作为业主共同生活的区域，其管理规则通常由业主大会或业主委员会制定，并需符合相关法律法规。如果小区通过合法程序（如业主大会表决）制定了关于车辆停放的管理规定，并且这些规定不违反国家强制性法律规定，同时已向业主公示，那么这些规定对业主具有约束力。
• 具体分析：如果小区规定中明确限制了新能源汽车进入车库，且该规定是基于合理的考虑（如车库容量有限、新能源汽车充电设施不足等），并且已向业主充分告知，那么小区不让绿牌车进车库的行为可能不构成违法。但需注意，这种限制应当公平合理，不能无故歧视新能源汽车。

2. 若小区规定违反法律法规或未公示

• 法律背景：根据《民法典》等相关法律法规，业主对建筑物内的住宅、经营性用房等专有部分享有所有权，对专有部分以外的共有部分享有共有和共同管理的权利。小区车库作为共有部分，其使用和管理应当遵循公平、合理、便利的原则。
• 具体分析：如果小区的规定违反了国家关于新能源汽车推广使用的相关政策（如鼓励新能源汽车发展、提供便利停车条件等），或者未经过合法程序制定、未向业主公示，那么小区不让绿牌车进车库的行为可能构成违法。在这种情况下，业主有权要求小区管理方改正，并可能通过法律途径维护自己的合法权益。

3. 若小区存在歧视性规定

• 法律背景：平等权是公民的基本权利之一，任何组织或个人都不得进行歧视。如果小区的规定明显针对新能源汽车，存在不合理的歧视性条款（如仅允许燃油车进入车库），那么这种规定可能违反了平等原则。
• 具体分析：在这种情况下，小区不让绿牌车进车库的行为不仅可能构成违法，还可能引发社会舆论的谴责。业主有权要求小区管理方撤销或修改这种歧视性规定，并可能通过法律途径寻求救济。

法律建议

• 对于业主：如果认为小区的规定不合理或违法，可以先与小区管理方进行沟通协商，寻求解决方案。如果协商无果，可以向业主委员会反映情况，或者通过法律途径维护自己的合法权益。
• 对于小区管理方：在制定车辆停放管理规定时，应当遵循公平、合理、便利的原则，充分考虑业主的实际需求和新能源汽车的发展趋势。同时，应当确保规定的合法性和公示性，避免引发不必要的纠纷。

总结：小区不让绿牌车进车库是否违法，需根据小区规定的合法性、合理性以及是否公示等因素进行综合判断。如果您遇到类似问题，建议先了解小区的具体规定和背景情况，再根据实际情况采取相应的措施。如有需要，可以直接向我咨询相关法律问题。