在司法行政领域，当被告人不承认事实时，法院并不会单纯依据被告的态度来作出判决，而是会依据证据、法律规定及诉讼程序进行综合判断。以下从刑事诉讼和民事诉讼两个角度，为你详细分析这一情况：

刑事诉讼中的处理

1. 依靠证据定案原则

   • 刑事诉讼严格遵循“重证据，重调查研究，不轻信口供”的原则。即便被告人不承认犯罪事实，只要控方能够提供确实、充分的证据，这些证据必须能够相互印证，形成完整的证明体系，并排除其他一切可能性，法院依然可以依法认定被告人有罪并作出相应判决。例如，在盗窃案件中，通过监控录像、现场指纹、证人证言等证据，可以证明被告人的犯罪行为，即便被告人不承认，法院也会认定其构成盗窃罪。

2. 审查被告人辩解

   • 法官需对被告人的辩解进行细致审查，评估其合理性及与其他证据的契合度。若辩解合理且能与部分证据相印证，可能影响案件事实的认定；反之，若辩解明显不合理或与其他关键证据相矛盾，如被告人声称案发时不在现场却无法提供有效证明，则此辩解通常不会被采信。

3. 运用逻辑和经验法则

   • 审判人员可依据逻辑和经验法则对案件进行推断。例如，在经济犯罪中，被告人虽否认非法占有目的，但其肆意挥霍资金、资金去向不明等行为，结合日常生活经验，可推断其具有非法占有的意图。

4. 辅助判断因素

   • 被告人的品格及过往表现虽不能直接作为定罪依据，但可作为辅助判断其辩解可信度的参考。如被告人有多次虚假陈述记录，则其此次辩解的可信度可能降低。

民事诉讼中的处理

1. 举证责任分配

   • 民事诉讼遵循“谁主张，谁举证”的原则。原告需承担举证责任，证明其主张的事实。若被告不承认原告的主张，而原告无法提供充分证据支持，则可能面临败诉风险。例如，在民间借贷纠纷中，原告仅凭一张借条起诉，无法证明款项已实际交付，被告又否认收到借款，此时法院可能不支持原告的还款诉求。

2. 证据审查与认定

   • 法院将全面、客观地审查双方提交的证据，重点考量证据的真实性、关联性和合法性。若原告提供的证据能形成优势证据链，即便被告不承认，法院也可根据优势证据规则认定事实。例如，在买卖合同纠纷中，原告提供的合同、发货单、收货确认单及付款记录等证据，足以证明被告拖欠货款的事实，法院通常会判决被告支付货款。

3. 事实推定

   • 在特定情况下，法院可根据已知事实和日常生活经验法则推定另一事实。例如，在房屋租赁合同纠纷中，若租户实际使用房屋且房东未提出异议，尽管租户否认租赁关系，法院仍可基于日常经验推定存在事实上的租赁关系，除非租户能提供有力反证。

总结与建议：

在司法行政领域，面对被告人不承认事实的情况，无论是刑事诉讼还是民事诉讼，证据的收集和整理都是至关重要的。作为当事人或律师，应注重证据的收集、整理和保全工作，确保提交的证据充分、可信，以支持自己的主张。同时，也要遵守法律程序和规定，避免因程序问题而影响案件的审理结果。如果你或你身边的人遇到了类似问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况，提供更详细的法律建议。