员工套牌公司车辆属于严重违法行为，公司可根据内部规章制度及法律规定，对员工进行处罚，情节严重的可能涉及刑事责任。具体分析如下：

1. 公司内部处罚：

   • 依据：公司可根据内部规章制度，如《员工手册》、《车辆管理制度》等，对员工进行处罚。这些制度应明确规定套牌行为的性质及处罚措施，且需经过民主程序制定并公示，以确保合法有效。
   • 处罚措施：可能包括警告、罚款、解除劳动合同等。例如，若员工套牌行为给公司造成重大损失或严重影响公司声誉，公司有权依据规章制度解除劳动合同，且无需支付经济补偿。

2. 行政处罚：

   • 依据：根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十六条，使用伪造、变造的机动车号牌的，由公安机关交通管理部门予以收缴，扣留该机动车，处十五日以下拘留，并处二千元以上五千元以下罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
   • 执行：若公司发现员工套牌行为，应及时向公安机关报案，由公安机关依法进行调查处理。

3. 刑事责任：

   • 情形：若员工套牌行为情节严重，如多次套牌、套牌后从事违法犯罪活动等，可能构成犯罪，如伪造、变造、买卖国家机关公文、证件、印章罪等。
   • 后果：一旦构成犯罪，员工将面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役、管制或罚金等。

建议：公司应加强对车辆的管理和监督，定期检查车辆证件及使用情况，及时发现并制止套牌行为。同时，公司应完善内部规章制度，明确套牌行为的处罚措施，以维护公司合法权益和正常运营秩序。若您有进一步的问题或需要具体的法律帮助，可以直接向我咨询。