结论前置：针对您提出的“正在使用的商标别人申请注销是否可以起诉对方”这一问题，需分情况讨论，若对方恶意申请注销且给您造成损失，您可以起诉对方；若对方申请注销行为合法合规，则一般不能起诉。以下为详细分析：
对方恶意申请注销且造成损失的情况
- 恶意申请注销的认定：如果对方明知您正在使用该商标，且该商标已具有一定的市场影响力和商业价值，仍出于不正当竞争、恶意排挤等目的，向商标局申请注销您的商标，这种行为可能构成恶意。例如，对方与您存在商业竞争关系，为了削弱您的市场竞争力，故意申请注销您的核心商标。
- 起诉的依据和理由：在这种情况下，对方的恶意申请注销行为可能侵犯了您的商标专用权，给您造成了经济损失，如市场份额下降、销售额减少、品牌声誉受损等。您可以依据《中华人民共和国商标法》以及《中华人民共和国反不正当竞争法》等相关法律法规，向人民法院提起民事诉讼，要求对方停止侵权行为、赔偿损失、消除影响等。
- 举证要点：在诉讼过程中，您需要提供充分的证据证明对方的恶意申请注销行为，如对方与您的商业竞争关系证明、对方明知您使用该商标的证据、您因对方申请注销行为所遭受损失的具体证据等。
对方申请注销行为合法合规的情况
- 合法申请注销的情形：如果对方申请注销您的商标是基于合法的原因，如商标已超过有效期且未续展、商标注册人自行放弃商标专用权、商标因违反商标法规定被商标局撤销等，那么对方的申请注销行为是合法合规的。
- 不能起诉的原因：在这种情况下，由于对方的申请注销行为没有违反法律法规，也没有侵犯您的合法权益，因此您不能起诉对方。如果您认为商标局作出的注销决定有误，您可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼，但这是针对商标局的行政行为，而不是针对申请注销的对方。
建议：在面对商标被申请注销的情况时，建议您首先了解对方申请注销的具体原因和依据，评估自己的商标权益是否受到侵害。如果认为对方的行为存在恶意或违法，及时收集证据并咨询专业律师（即向我咨询），以便采取合适的法律措施维护自己的权益。