在二审中申请撤回起诉后，就二审中新达成的付款协议，原审原告通常不可以再次起诉，但存在例外情况。以下是对此问题的详细分析：
一、常规情况下的不可再次起诉
根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第三百三十八条的规定，在第二审程序中，原审原告申请撤回起诉，需经其他当事人同意，并且不得损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益。在此条件下，人民法院可以准许撤诉，并应一并裁定撤销一审裁判。原审原告在第二审程序中撤回起诉后，若再次就同一事实或理由提起诉讼，人民法院将不予受理。这一规定旨在维护程序的安定性、司法的权威性以及避免司法资源的浪费。
二、例外情况下的再次起诉
尽管存在上述常规限制，但在某些特殊情况下，原审原告仍有可能就新达成的付款协议再次起诉。这些特殊情况主要包括：
新的事实和理由：若原审原告在撤诉后发现了新的事实和理由，且这些新情况足以影响案件的处理结果，并符合法定起诉条件，虽然不属于严格意义上的“重复起诉”，但实践中对此类“新的事实和理由”的认定标准较为严格。新的事实和理由通常指的是在原诉讼结束后发生的、对案件有实质性影响的新情况，如新的侵权行为、新的证据等。在二审中新达成的付款协议，若该协议内容、性质或履行情况等发生了实质性变化，且这些变化构成了新的事实和理由，那么原审原告有可能基于这些新情况再次起诉。
协议履行问题：如果二审中新达成的付款协议在履行过程中出现了问题，如一方未履行或未完全履行协议义务，导致另一方权益受损，那么受损方有权就协议履行问题提起诉讼。这种情况下，虽然起诉的标的与原诉讼可能有关联，但起诉的理由和事实已经发生了变化，因此不属于重复起诉。
三、法律建议
谨慎撤诉：在二审中申请撤回起诉前，原审原告应充分考虑可能的法律后果，避免不必要的诉讼风险。如果撤诉后发现新的事实和理由或协议履行问题，再想再次起诉可能会面临法律上的障碍。
咨询专业律师：在决定撤诉或再次起诉前，建议咨询专业律师以获取具体的法律意见。律师可以根据案件的具体情况，为当事人提供针对性的法律建议和策略。
保留证据：无论是在撤诉前还是再次起诉前，当事人都应保留好与案件相关的所有证据。这些证据在后续的法律程序中可能起到关键作用。
综上所述，在二审中申请撤回起诉后，就二审中新达成的付款协议，原审原告通常不可以再次起诉，但存在例外情况。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。