结论前置：在用户与商家达成仅退款协议后，如果用户又将货款退还给商家，这一行为本身通常不构成违法，但可能涉及合同违约或双方新的约定。

分析说明：

1. 合同违约的可能性：

   • 当用户和商家达成仅退款协议时，这实际上构成了一种双方都要遵守的合同。如果用户后续又将货款退还给商家，而商家并未同意这一行为，那么用户可能违反了之前的退款协议，从而构成合同违约。
   • 在这种情况下，商家有权根据合同条款追究用户的违约责任，包括但不限于要求用户承担违约金、赔偿损失等。

2. 双方新约定的可能性：

   • 如果用户在退款后又将货款退还给商家，并且这一行为是双方协商一致的结果，那么这一行为就不构成违约，而是双方对原合同的一种修改或补充。
   • 在这种情况下，用户和商家应确保新的约定明确、具体，并最好以书面形式固定下来，以避免后续产生争议。

3. 法律后果：

   • 如果用户的行为构成合同违约，商家可以通过法律途径维护自己的权益，包括但不限于向法院提起诉讼或申请仲裁。
   • 如果用户和商家之间存在新的约定，且该约定合法有效，那么双方都应按照新约定履行各自的义务。

建议：

• 在进行任何退款或付款操作前，用户和商家应确保双方对退款协议或新的约定有明确的了解，并最好以书面形式固定下来。
• 如果遇到争议或纠纷，双方应首先尝试通过友好协商解决；协商不成时，可以寻求法律途径解决。

总之，用户将货款退还给商家这一行为是否违法，取决于双方之前的退款协议以及后续是否有新的约定。因此，在处理此类问题时，应充分考虑合同的具体内容和双方的真实意愿。