当机动车与非机动车发生交通事故，且机动车负主要责任时，赔付流程通常遵循以下步骤和原则：
一、责任认定
首先，事故发生后，需要由交通管理部门或者交警进行事故责任认定。这一步骤是确定赔付比例和金额的前提。在机动车与非机动车的碰撞中，若机动车被认定为主要责任方，那么通常需要承担70%~80%的赔偿责任，而非机动车方则承担剩余的20%~30%，具体比例可能因地区法规和具体情况有所不同。
二、交强险赔付
在确定责任后，机动车方的交强险会在其责任限额内进行赔付。交强险是机动车必须购买的保险，用于赔偿交通事故中第三方（包括非机动车方）的人身伤亡和财产损失。如果交强险的赔付限额不足以覆盖全部损失，那么剩余部分将按照责任比例由机动车方和非机动车方分担。
三、具体赔偿项目
医疗费：根据实际发生的医疗费用进行赔付，包括住院费、手术费、药品费等。
误工费：根据受害人的收入情况和误工时间进行计算。对于收入稳定的受害人，按照其固定收入计算；对于收入不固定的，可能需要根据其近年的平均收入或者当地同行业平均工资进行计算。
护理费：如果受害人需要他人护理，那么护理人员的费用也将计入赔偿范围。
交通费：受害人及其必要的陪护人员因就医或者转院治疗实际发生的费用。
营养费：根据受害人的伤残情况和医疗机构的意见确定，用于补充受害人因事故受伤所需的营养。
残疾赔偿金：如果受害人因事故导致残疾，那么将根据伤残等级和当地标准计算残疾赔偿金。
死亡赔偿金：如果受害人因事故死亡，那么其近亲属将有权获得死亡赔偿金。
其他费用：可能还包括精神损害抚慰金、财产损失等其他合理费用。
四、协商与诉讼
如果双方对赔偿金额和责任分担有争议，首先可以尝试进行协商。协商不成的，非机动车方有权向法院提起诉讼，要求机动车方进行赔偿。
综上所述，机动车撞了非机动车且负主要责任时，赔付流程涉及责任认定、交强险赔付、具体赔偿项目的计算以及协商与诉讼等环节。在处理此类事故时，建议双方保持冷静，理性协商，并尽快联系保险公司和相关部门进行处理。