针对门店质量不合格的问题，处理流程通常遵循严格的质量监督与行政处罚程序，以确保市场秩序和消费者权益。以下是一个详细且深入的处理方案：

一、初步处理与责令整改

1. 公开结果：首先，组织监督抽查的市场监督管理部门会对抽查结果进行汇总分析，并依法公开，让公众了解哪些门店或产品存在质量问题。

2. 责令整改：对于检验结论不合格的产品，市场监督管理部门会立即要求被抽样的门店（生产者或销售者）停止生产、销售同一产品，并责令其在规定期限内（如六十日内）进行改正。这包括但不限于召回不合格产品、改进生产工艺、加强质量控制等。

3. 复查安排：在责令整改期限结束后，市场监督管理部门会按照监督抽查实施细则组织复查，以验证门店是否已采取有效措施纠正质量问题。

二、复查不合格的处理

1. 公告与曝光：如果复查结果显示产品质量仍不合格，省级市场监督管理部门会向社会公告这一结果，并通过报纸、电视等新闻媒体对门店的严重质量问题进行“曝光”，以警示消费者并督促门店进一步整改。

2. 行政处罚：对于产品存在严重质量问题等情形的门店，县级市场监督管理部门会按照有关法律、行政法规的规定进行处理。这可能包括罚款、没收违法所得、责令停业整顿等。如果法律、行政法规未作具体规定，则可能处以三万元以下的罚款。

三、持续不合格与更严厉措施

1. 责令停业整顿：如果公告后经再次复查产品质量仍不合格，省级以上人民政府产品质量监督部门会责令门店停业，并限期进行整顿。整顿期间，门店需全面审查其生产、销售流程，找出问题根源并采取有效措施进行改进。

2. 吊销营业执照：整顿期满后，如果产品质量经复查仍不合格，这表明门店已不具备生产合格产品的能力。此时，工商行政管理部门会依法吊销其营业执照，禁止其继续从事相关经营活动。

四、法律责任与刑事追究

• 对于生产不符合保障人体健康和人身、财产安全标准产品的门店，产品质量监督部门在责令其限期改正的同时，还会依照产品质量法的有关规定，没收其不符合安全要求的产品和违法所得，并处以罚款。
• 如果情节严重，如多次违规、拒不改正或造成严重后果的，也可以依法定程序吊销其营业执照。
• 如果门店的行为构成犯罪，如生产销售伪劣产品罪等，则应依法追究刑事责任。

综上所述，门店质量不合格的处理是一个涉及多个环节和部门的复杂过程。它要求市场监督管理部门、工商行政管理部门以及司法机关等密切协作，共同维护市场秩序和消费者权益。对于门店而言，应严格遵守相关法律法规和标准要求，确保产品质量安全可靠。