在工程逾期的情况下，若实际损失难以确定，违约金的计算确实是一个相对复杂的问题，但我们可以依据合同约定、法律规定以及行业惯例来综合考量。以下是一个详细且深入的解答：
一、合同约定的优先性
首先，我们应当查看建设工程施工合同中是否明确约定了逾期违约金的计算方法或具体金额。如果合同中有合法有效的约定，那么原则上应按照合同约定来确定违约金。例如，合同可能规定每逾期一日，违约方需按未完成工程部分价款的一定比例（如每日0.1%）支付违约金。
二、无约定时的处理原则
如果合同中没有明确约定逾期违约金，或者约定不明确、无法执行，那么我们可以参照以下原则来计算：
参照相关标准或惯例：
- 在无约定的情况下，可以参照行业标准、交易惯例或类似案例来确定违约金数额。这些标准和惯例通常能够反映行业内的普遍做法和预期损失，为违约金的计算提供一定的参考。
按照实际损失计算：
- 根据《民法典》的相关规定，违约方应赔偿因违约给对方造成的实际损失，包括合同履行后可以获得的利益。在工程逾期的情况下，实际损失可能包括因延误导致的额外费用支出（如租金、管理费等）、错过销售或使用时机带来的损失等。虽然这些损失可能难以精确计算，但应尽可能进行合理估算，并作为违约金计算的一部分。
法定利率标准：
- 若实际损失确实难以确定，可以参照中国人民银行发布的同期同类贷款利率或同期贷款市场报价利率（LPR）来计算违约金。这种计算方法相对客观，能够反映因逾期付款或逾期完工给债权人造成的资金成本损失。具体来说，可以按照逾期金额和逾期时间，以法定利率为基准计算违约金。
三、综合考虑案件具体情况
在确定违约金时，还需综合考虑以下因素：
- 逾期时间的长短：逾期时间越长，给对方造成的损失可能越大，因此违约金也应相应增加。
- 逾期金额的大小：逾期金额越大，违约金的计算基数也越大，因此违约金数额也会相应增加。
- 债权人的实际损失：如前所述，实际损失是计算违约金的重要依据。即使合同没有约定违约金，违约方也应赔偿对方因违约造成的实际损失。
- 债务人的过错程度：如果债务人存在故意或重大过失导致逾期，那么违约金数额可能会相应增加，以体现对其过错行为的惩罚。
四、建议与总结
- 明确合同条款：在签订建设工程施工合同时，应尽可能明确约定逾期违约金的计算方法或具体金额，以避免后续纠纷。
- 保留证据：在工程实施过程中，应妥善保留与工期、质量、费用等相关的证据材料，以便在发生纠纷时能够证明自己的主张。
- 寻求专业帮助：如果在实际操作中遇到难以确定违约金数额的情况，建议咨询专业的律师或法律机构，以获得准确的法律意见和帮助。
综上所述，工程逾期违约金的计算是一个复杂而细致的过程，需要综合考虑合同约定、法律规定以及案件的具体情况。在无法确定实际损失的情况下，我们可以参照相关标准或惯例、按照实际损失进行合理估算、或者参照法定利率标准来计算违约金。同时，也应注重保留证据和寻求专业帮助，以确保自身权益得到充分保护。