在政府采购流程中，关于“流标后是否可以指定中标单位”的问题，需要依据相关法律法规和采购实践来详细解答。
首先，我们要明确“流标”的含义。流标通常指的是在招标过程中，由于有效投标人不足三家、投标文件不符合要求、投标报价均超过预算等情形，导致招标失败，无法确定中标人的情况。
接下来，针对您的问题，流标后并不能直接指定中标单位。政府采购活动必须遵循公开、公平、公正和诚实信用的原则，确保所有潜在供应商都有平等的机会参与竞争。在流标的情况下，采购人不能随意指定某个供应商作为中标人，因为这违反了政府采购的基本原则。
那么，流标后应该如何处理呢？根据政府采购法律制度，流标后采购人可以采取以下措施：
重新招标：采购人可以重新发布招标公告，邀请新的供应商参与投标。在重新招标时，采购人应当对招标文件进行必要的修改和完善，以确保招标活动的顺利进行。
在满足条件的候选人中另行确定中标供应商：如果流标是因为中标或成交供应商拒绝签订合同、质疑投诉成立且影响中标成交结果、政府采购当事人存在违法违规行为等特殊情形导致的，采购人可以在满足条件的候选人中另行确定中标或成交供应商。但这种情况需要严格依据相关法律法规和采购文件的规定进行，并确保程序的合法性和公正性。
采用其他采购方式：如果重新招标仍然无法吸引足够的供应商参与，或者采购项目具有特殊性、紧迫性等情形，采购人可以考虑采用竞争性谈判、单一来源采购等其他采购方式。但采用其他采购方式也需要符合相关法律法规的规定，并经过必要的审批程序。
在处理流标情况时，采购人还需要注意发布相关的公告和通知，及时告知所有潜在供应商招标活动的进展情况和结果。如果需要另行确定中标或成交供应商，采购人应当发布中标或成交结果更正公告，明确新的中标或成交供应商信息，并确保公告的合法性和有效性。
综上所述，流标后并不能直接指定中标单位，而是需要依据相关法律法规和采购实践采取相应的措施。采购人应当严格遵守政府采购的基本原则和程序要求，确保采购活动的公开、公平、公正和诚实信用。