政府在农村打的井被人填了，属于破坏公共设施的行为，相关责任人可能需承担民事赔偿责任，情节严重的还可能面临行政处罚或刑事责任。具体处理方式如下：
民事责任层面
根据《民法典》第1165条，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。政府打井属于为公共利益投入的设施，填井行为直接导致公共资源损毁，政府作为所有权人或管理方有权要求侵权人赔偿修复费用、直接经济损失（如因缺水导致的农作物减产等间接损失需结合证据评估）。若填井行为由多人共同实施，侵权人需承担连带责任。
行政责任层面
若填井行为未达到刑事犯罪标准，但违反《治安管理处罚法》第33条（“盗窃、损毁油气管道设施、电力电信设施、广播电视设施、水利防汛工程设施或者水文监测、测量、气象测报、环境监测、地质监测、地震监测等公共设施的，处十日以上十五日以下拘留”），公安机关可对行为人处以行政拘留及罚款。例如，村民因个人纠纷擅自填埋机井，即使未造成严重后果，也可能面临行政处罚。
刑事责任层面
若填井行为导致严重后果，可能触犯《刑法》第117条（破坏交通设施罪）或第275条（故意毁坏财物罪）。虽然机井通常不属于“交通设施”，但若填埋行为导致周边农田灌溉系统瘫痪、引发群体性事件等重大损失，或行为人存在主观恶意（如报复社会），可能以“故意毁坏公私财物罪”追究刑事责任，处三年以下有期徒刑、拘役或罚金；数额巨大或有其他特别严重情节的，处三年以上七年以下有期徒刑。
处理建议：
政府或管理方应第一时间固定证据（如现场照片、视频、证人证言），向公安机关报案并同步委托第三方机构评估损失。若涉及民事赔偿，可直接向法院提起侵权之诉；若行为人拒不履行赔偿义务，可申请强制执行。若您是受害方或相关方，可直接向我咨询具体维权流程及证据收集要点。