若国土局已对违章建筑立案，您需积极配合调查并依法处理，具体应对步骤如下：

1. 确认立案性质与程序合法性
   首先核实国土局立案的法律依据（如《土地管理法》《城乡规划法》等）及程序是否合法。若立案程序存在瑕疵（如未依法送达通知、未听取陈述申辩等），您有权提出异议并要求补正程序。例如，根据《行政处罚法》第三十七条，行政机关在调查时需出示执法证件并制作笔录，若未履行该程序，您可主张证据无效。

2. 配合调查并提交证据
   立案后，国土局会开展调查（如现场勘验、询问当事人等）。您需配合提供相关材料（如土地权属证明、建设审批文件等），同时可主动提交证明建筑合法性的证据（如历史遗留问题证明、政府曾默许建设的文件等）。若建筑确属违章，可争取通过补办手续（如规划许可、用地审批）将建筑合法化，部分地区对符合条件的违章建筑提供“以罚代拆”的补救途径。

3. 主张权利救济途径

   • 行政复议：若对国土局的处罚决定（如限期拆除、罚款）不服，可在收到决定书之日起60日内向上一级国土部门或同级政府申请复议（《行政复议法》第九条）。
     
   • 行政诉讼：若复议结果仍不满意，可在收到复议决定书15日内或直接在知道处罚决定6个月内向法院起诉（《行政诉讼法》第四十六条）。诉讼中可主张处罚过重、程序违法等理由，例如若建筑未影响规划实施，可依据《城乡规划法》第六十四条争取“限期改正”而非拆除。

4. 协商与和解可能性
   在立案至处罚决定作出前，您可主动与国土局协商，提出整改方案（如自行拆除部分违章部分、补缴土地出让金等）。部分地区对配合整改的当事人会从轻或免除处罚，例如《XX省城乡规划条例》可能规定“主动消除违法状态可减轻处罚”。

风险提示：若建筑确属严重违章（如占用耕地、公共设施用地等），且无法补办手续或整改，国土局可能依法强制拆除。此时需提前转移建筑内财物，避免损失扩大，并保留强制拆除程序违法的证据（如未公告、未制作执行笔录等），以便后续维权。

建议行动：立即整理建筑相关文件（如土地证、建设图纸、政府往来函件等），并委托律师分析建筑合法性及处罚合理性。若需进一步协助，可直接向我咨询具体法律策略。