非法经营罪案件中，侦查机关确实有可能进行二次上门搜查，但这并非必然，而是取决于案件的具体情况和侦查需要。以下从多个角度为你详细分析：
一、搜查的法律依据
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，侦查机关在侦查活动中，为了收集犯罪证据、查获犯罪人，有权对犯罪嫌疑人以及可能隐藏罪犯或者犯罪证据的人的身体、物品、住处和其他有关的地方进行搜查。这意味着，只要侦查机关认为有必要，且符合法定程序，就可以进行搜查，包括二次搜查。
二、二次搜查的可能性
新证据的出现：在初次搜查后，如果侦查机关发现了新的证据或者线索，指向了新的搜查地点或者需要进一步搜查原有地点以获取更多证据，那么就有可能进行二次搜查。
初次搜查的局限性：初次搜查可能由于各种原因（如时间紧迫、搜查范围有限等）未能全面、彻底地收集到所有相关证据。在这种情况下，为了完善证据链，侦查机关可能会决定进行二次搜查。
犯罪嫌疑人的活动变化：如果犯罪嫌疑人在初次搜查后改变了其活动模式或者藏匿地点，侦查机关为了追踪犯罪嫌疑人的行踪或者获取新的犯罪证据，也可能会进行二次搜查。
三、搜查的程序要求
无论是初次搜查还是二次搜查，侦查机关都必须严格遵守法定程序。这包括但不限于：
出示搜查证：侦查人员在进行搜查时，必须向被搜查人出示搜查证。搜查证是侦查机关依法进行搜查的合法凭证。
制作搜查笔录：搜查结束后，侦查人员应当制作搜查笔录，详细记录搜查的时间、地点、过程、发现的证据等情况，并由被搜查人或者见证人签名或者盖章。
保护公民合法权益：在搜查过程中，侦查机关应当尊重和保护公民的合法权益，不得侵犯公民的人身自由、人格尊严、住宅安全等。
四、对当事人的建议
如果你或者你身边的人涉嫌非法经营罪，且担心可能会面临二次搜查，我建议你：
保持冷静：面对侦查机关的搜查，保持冷静和配合是非常重要的。不要试图阻挠或者抗拒搜查，否则可能会面临更严重的法律后果。
了解自己的权利：在搜查过程中，你有权要求侦查人员出示搜查证，并有权对搜查过程进行监督。如果侦查人员违反法定程序进行搜查，你可以及时提出异议并保留相关证据。
及时咨询律师：如果你对搜查过程或者搜查结果有疑问或者不满，建议及时咨询专业律师。律师可以帮助你了解自己的法律权益，并提供必要的法律帮助和支持。
如果你有任何关于非法经营罪或者其他法律问题的疑问，都可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律建议。