您好，针对您提出的“交通事故中我方主责，但和对方协商各自赔各自的，我方是否可以进行医保赔付”的问题，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国社会保险法》第三十条的规定，“应当由第三人负担的”医疗费用是不纳入基本医疗保险基金支付范围的。在交通事故中，如果责任明确，且是由某一方（如您方或对方）的过错导致的伤害，那么因此产生的医疗费用原则上应由责任方来承担。

现在，您提到的情况是双方协商各自赔各自的。虽然这种协商方式在双方自愿且不违反法律法规的前提下是可以的，但它并不改变医疗费用应由责任方承担的基本原则。也就是说，即使双方协商了各自赔付，但如果您方的医疗费用是因为您方的过错（即您方主责）而产生的，那么这部分费用在理论上是不应该通过医保来报销的。

进一步来说，如果您方尝试通过医保来报销这部分费用，可能会面临法律上的风险。因为根据相关法律法规，如果医疗费用依法应当由第三人（在这里即责任方）负担，而第三人不支付或者无法确定第三人的，才由基本医疗保险基金先行支付。但先行支付后，基本医疗保险基金是有权向第三人追偿的。所以，如果您方通过医保报销了本应由自己承担的医疗费用，一旦被发现，可能需要退还这部分费用，甚至可能面临法律责任。

因此，我的建议是，在交通事故中，如果责任明确且由您方主责，那么您方应该自行承担因此产生的医疗费用，而不是尝试通过医保来报销。当然，如果双方协商的结果确实是由各自承担自己的医疗费用，并且这种协商不违反法律法规，那么您方可以按照协商的结果来执行，但请注意不要违反医保报销的相关规定。

希望这个解答能够帮助您更好地理解这个问题，并做出正确的决策。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时告诉我。