关于逾期超过一天的违约金计算问题，这确实是一个涉及合同约定、法律规定以及实际应用中多个因素的复杂问题。下面，我将为您详细、清晰地解答这一问题。
首先，逾期违约金的计算应优先依据合同中的具体约定。合同是双方当事人意思自治的体现，因此，如果合同中明确规定了逾期违约金的计算方式，那么应当首先遵循这一约定。具体来说，合同中的逾期违约金计算方式可能包括：
固定金额计算法：
- 合同中直接约定逾期一天的违约金为一个固定的数额。例如，合同中可能规定“每逾期一日，违约方需支付违约金100元”。在这种情况下，逾期超过一天的违约金就是100元乘以逾期天数（超过一天的部分）。
比例计算法：
- 合同约定以某个基数（如合同总金额、逾期金额等）的一定比例作为每天的违约金。例如，合同中可能规定“逾期付款的，每日按逾期金额的0.5%支付违约金”。在这种情况下，逾期超过一天的违约金就是逾期金额乘以0.5%再乘以逾期天数（超过一天的部分）。
如果合同中没有明确约定逾期违约金的计算方式，或者约定不明确，那么应当参照相关法律法规的规定及行业惯例进行合理计算。具体来说：
法律法规有明确规定：
- 在某些特定领域，如商品房买卖、金融借款等，法律法规可能对逾期违约金有明确规定。例如，在商品房买卖中，若无合同约定，逾期违约金一般参照同地段同类房屋租金标准确定。
实际损失主张：
- 若既无合同约定，也无法律法规规定，受损方可以要求违约方赔偿因逾期造成的实际损失。这包括直接损失（如因逾期导致的额外费用支出）和可得利益损失（如因逾期而未能获得的预期收益）。受损方需提供充分证据来证明损失数额。
参照金融机构标准：
- 对于金融类合同，如借款合同，若未约定逾期违约金计算方式，可以参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准进行计算。这通常是在贷款利率水平上加收一定比例，但不得超过法定上限。
在实际应用中，还需要注意以下几个重要事项：
违约金调整：
- 如果约定的违约金低于造成的损失，当事人可以请求人民法院或仲裁机构予以增加；如果约定的违约金过高，超过造成损失的30%，可能会被认定为过高并适当减少。
诉讼时效：
- 逾期违约金的计算时效期限通常是三年，从权利人知道或应当知道自己的权利受到损害之日起计算。因此，在主张逾期违约金时，需要注意诉讼时效的问题。
合同性质与行业惯例：
- 不同类型的合同及不同行业可能存在特定的违约金计算惯例和标准。在计算逾期违约金时，应充分考虑这些因素，以确保计算的合理性和公正性。
综上所述，逾期超过一天的违约金计算是一个综合考虑合同约定、法律法规、实际损失以及行业惯例等多方面因素的过程。在实际操作中，应严格按照法律规定和合同约定进行计算，并确保计算结果的准确性和合理性。如果您有任何具体的合同或情境需要进一步的咨询或建议，请随时告诉我。