结论：作为乙方的公司有股权代持协议但并未向合同甲方公开，这一行为是否违法，需结合具体情况判断，一般情况下不直接构成违法，但可能因违反合同约定或特定法律规定而引发法律责任。以下从不同角度进行分析：
一、从合同约定角度分析
若合同中有明确约定：如果乙方与甲方签订的合同中明确规定了乙方需披露其股权结构或股权代持情况，而乙方未履行这一披露义务，那么乙方的行为就构成了违约。根据《民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。因此，在这种情况下，乙方可能需要承担违约责任，包括但不限于支付违约金、赔偿甲方因此遭受的损失等。
若合同中无明确约定：如果合同中没有明确规定乙方需披露其股权结构或股权代持情况，那么乙方未公开股权代持协议的行为就不构成违约。然而，这并不意味着乙方的行为完全无懈可击。在某些特定情况下，如股权代持行为可能影响甲方的合法权益或合同目的的实现时，乙方仍可能需要承担一定的法律责任。
二、从法律规定角度分析
一般情况下的合法性：股权代持协议本身并不违法，只要其内容不违反法律、行政法规的强制性规定，且双方当事人意思表示真实、合法、有效。因此，在一般情况下，乙方签订股权代持协议并未向甲方公开的行为，并不直接构成违法。
特定情况下的违法性：然而，在某些特定情况下，股权代持行为可能因违反特定法律规定而无效或可撤销。例如，如果股权代持行为涉及规避法律、行政法规的强制性规定（如规避外资准入限制、规避证券监管等），或者损害国家、集体或第三人的利益，那么该股权代持协议可能被认定为无效。此外，如果股权代持行为违反了公司章程或相关法律法规中关于股权转让、股东资格取得等方面的规定，也可能引发法律责任。
三、法律建议
审查合同条款：乙方应仔细审查与甲方签订的合同条款，特别是关于股权结构披露、股权代持等方面的约定。如果合同中有明确约定，乙方应严格履行披露义务，以避免违约责任。
评估法律风险：乙方应评估股权代持行为可能带来的法律风险，包括但不限于合同违约风险、行政处罚风险、民事赔偿风险等。如果风险较高，乙方应考虑采取相应措施进行风险防控。
咨询专业律师：如果乙方对股权代持协议的法律效力、合同义务履行等方面存在疑问或担忧，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
总结：作为乙方的公司有股权代持协议但并未向合同甲方公开，这一行为是否违法需结合具体情况判断。在一般情况下，该行为不直接构成违法，但可能因违反合同约定或特定法律规定而引发法律责任。因此，乙方应谨慎处理股权代持事宜，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。